Un fonctionnaire en fin de droits à congé de maladie, placé en disponibilité d’office pour raison de santé (DORS), peut percevoir des indemnités journalières de sécurité sociale versées par son employeur public dans deux configurations juridiques distinctes : soit au titre du régime spécial de sécurité sociale des fonctionnaires (indemnités calculées et payées par l’administration en substitution des IJ du régime général), soit sous forme d’indemnité différentielle venant compléter un demi‑traitement lorsque les prestations d’assurance maladie seraient supérieures aux avantages statutaires (Article D712-12 du Code de la sécurité sociale, Article 4 du Décret du 11 janvier 1960, Article L712-3 du Code de la sécurité sociale, Cour d’appel d’Aix‑en‑Provence, 17 septembre 2015, n° 14/01774, TA Toulouse, 19 octobre 2023, n° 2100870, TA Paris, 2 août 2023, n° 2125310).

La jurisprudence administrative récente précise que, pendant la disponibilité d’office, le fonctionnaire relève pour les prestations en espèces du régime de sécurité sociale, mais sans cumul avec le demi‑traitement : les avantages statutaires sont servis en priorité, les IJ n’étant versées par l’employeur qu’à titre complémentaire ou en totalité en l’absence de rémunération statutaire (TA Toulouse, 19 octobre 2023, n° 2100870, TA Bastia, 18 mars 2025, n° 2200864, TA Caen, 18 février 2026, n° 2401313).

La ligne jurisprudentielle est convergente sur trois points structurants : i) les indemnités visées à l’article D712‑12 du Code de la sécurité sociale et à l’article 4 du décret du 11 janvier 1960 sont des prestations de sécurité sociale relevant d’un régime spécial, liquidées et payées par l’administration employeur, dont le contentieux appartient au juge judiciaire (Article 4 du Décret du 11 janvier 1960, TA Lyon, 30 septembre 2022, n° 2103636, TA Bastia, 18 mars 2025, n° 2200864, TA Caen, 18 février 2026, n° 2401313) ; la coordination statut / sécurité sociale impose une comparaison systématique entre émoluments statutaires (traitement ou demi‑traitement) et prestations en espèces, excluant tout cumul et ne laissant place aux IJ ou à l’indemnité différentielle que si les prestations de sécurité sociale excèdent les avantages statutaires (Cour d’appel d’Aix‑en‑Provence, 17 septembre 2015, n° 14/01774, TA Toulouse, 19 octobre 2023, n° 2100870, TA Paris, 2 août 2023, n° 2125310) ; certaines extensions ponctuelles du droit aux IJ (notamment les dispositifs Covid prévus par l’article L16‑10‑1 du Code de la sécurité sociale) sont limitées aux agents affiliés au régime général et excluent les fonctionnaires relevant des régimes spéciaux type CNRACL, ce qui borne les cas où un fonctionnaire territorial en DORS peut prétendre à des IJ versées par une CPAM au titre du régime général (Cour d’appel de Bordeaux, 10 juillet 2025, n° 23/05391).

Régime applicable au fonctionnaire en DORS

I. Fondements textuels du versement d’IJ par l’employeur

A. Régime spécial des fonctionnaires de l’État et assimilés

Les articles L712‑1 et L712‑3 du Code de la sécurité sociale posent que les fonctionnaires en activité bénéficient, en cas de maladie, de prestations au moins égales à celles du régime général, ces indemnités étant déterminées et payées par leur administration (Article L712-3 du Code de la sécurité sociale).

L’article D712‑11 du Code de la sécurité sociale organise leurs prestations en nature, tandis que l’article D712‑12 du Code de la sécurité sociale prévoit, en cas de maladie, une indemnité en espèces pour le fonctionnaire qui ne peut plus bénéficier d’un congé de maladie, de longue maladie ou de longue durée, mais qui remplit les conditions du livre III pour l’indemnité journalière du régime général (Article D712-12 du Code de la sécurité sociale).

En application de l’article D712‑12 du Code de la sécurité sociale, l’indemnité est calculée à partir d’une fraction du traitement et de l’indemnité de résidence, plus la totalité des avantages familiaux, sous réserve des plafonds du régime général ; il s’agit d’une prestation de sécurité sociale propre au régime spécial, versée par l’employeur en substitution de l’IJ servie directement par la CPAM (Article D712-12 du Code de la sécurité sociale, TA Lyon, 30 septembre 2022, n° 2103636, TA Bastia, 18 mars 2025, n° 2200864).

Le Tribunal administratif de Lyon qualifie explicitement ces sommes de « prestations de sécurité sociale versées en application des dispositions (…) de l’article D712‑12 du Code de la sécurité sociale », dont la récupération relève du juge judiciaire, ce qui confirme leur nature de prestations d’assurance maladie à la charge de l’administration (TA Lyon, 30 septembre 2022, n° 2103636).

B. Régime spécial des fonctionnaires territoriaux affiliés à la CNRACL

Pour les agents permanents des collectivités territoriales affiliés à la CNRACL, le décret du 11 janvier 1960 fixe un régime de sécurité sociale spécifique en matière d’assurance maladie (Article 4 du Décret du 11 janvier 1960).

Son article 4 I dispose que, en cas de maladie, l’agent qui a épuisé ses droits à rémunération statutaire, mais remplit les conditions du code de la sécurité sociale pour l’IJ de l’article L321‑1 du Code de la sécurité sociale, « a droit à une indemnité » calculée sur la base d’une fraction du traitement, de l’indemnité de résidence, et de la totalité des avantages familiaux, sous plafonds du régime général (Article 4 du Décret du 11 janvier 1960).

Le paragraphe II prévoit ensuite, lorsque l’agent bénéficie encore d’avantages statutaires inférieurs aux prestations en espèces ainsi définies, une indemnité égale à la différence entre ces prestations et les avantages statutaires, ce qui institue une indemnité différentielle d’IJ versée par l’employeur public (Article 4 du Décret du 11 janvier 1960).

La Cour d’appel d’Aix‑en‑Provence souligne que ces dispositions constituent « des prestations du régime spécial de sécurité sociale applicables » aux fonctionnaires territoriaux, et qu’elles visent à « compléter les droits statutaires afin d’amener le fonctionnaire au niveau des prestations du régime général » et non à lui ouvrir des droits initiaux indépendants des congés statutaires déjà servis (Cour d’appel d’Aix‑en‑Provence, 17 septembre 2015, n° 14/01774).

II. Articulation avec la disponibilité d’office pour raison de santé

A. Droit aux prestations en espèces pendant la disponibilité d’office

Pour les fonctionnaires de l’État, l’article 47 du décret du 14 mars 1986 organise la sortie des congés de longue maladie ou de longue durée : à l’expiration de la dernière période de congé, le fonctionnaire est soit reclassé, soit mis en disponibilité, soit admis à la retraite, et « le paiement du demi‑traitement est maintenu » pendant toute la procédure, jusqu’à la décision finale (Article 47 du Décret du 14 mars 1986).

Le Tribunal administratif de Toulouse rappelle, en se fondant sur ce texte et sur l’instruction générale FP344 du 1er août 1956 relative au régime de sécurité sociale des fonctionnaires titulaires de l'Etat, que le fonctionnaire placé en disponibilité d’office pour raison de santé « a droit au paiement des prestations en espèce de la sécurité sociale pour la période couverte par cette position statutaire » (TA Toulouse, 19 octobre 2023, n° 2100870).

L’instruction générale FP344 du 1er août 1956 relative au régime de sécurité sociale des fonctionnaires titulaires de l'Etat reproduite par le tribunal administratif de Toulouse, est fondamentale : elle précise que les prestations en espèces de l’assurance maladie sont applicables aux fonctionnaires « subsidiairement, mais parallèlement » aux dispositions statutaires, que les droits à émoluments doivent être appréciés simultanément au regard du statut et du régime de sécurité sociale, et que les avantages statutaires sont servis en priorité ; si ceux‑ci sont inférieurs aux prestations, une indemnité différentielle est due, et en l’absence de tout émolument statutaire, l’administration verse la totalité des prestations d’assurance sociale (TA Toulouse, 19 octobre 2023, n° 2100870).

Cette grille de lecture est reprise quasiment à l’identique par le Tribunal administratif de Paris pour les congés de longue maladie : l’indemnité différentielle a pour objet de compenser la différence entre le demi‑traitement et les IJ, « dans le cas où » ces dernières seraient supérieures à la rémunération perçue (TA Paris, 2 août 2023, n° 2125310).

Pour les fonctionnaires territoriaux, la disponibilité d’office est régie par les articles L822‑1 et L822‑2 du Code général de la fonction publique (droit au congé de maladie, limite d’un an sur douze mois) et L514‑1 et L514‑4 du Code général de la fonction publique (définition de la disponibilité, prononcée d’office au terme des congés pour raisons de santé) ainsi que par le décret du 30 juillet 1987 (Article 40 du Décret du 20 mars 1991, Article 17 du Décret du 30 juillet 1987).

L’article 17 de ce décret prévoit que, lorsque le fonctionnaire a obtenu douze mois de congé maladie sur douze mois consécutifs, il ne peut reprendre son service sans avis favorable du conseil médical, et qu’en cas d’avis défavorable, il est soit mis en disponibilité, soit reclassé, soit admis à la retraite ; « le paiement du demi‑traitement est maintenu, le cas échéant, jusqu’à la date » de la décision de reprise, reclassement, mise en disponibilité ou retraite (Article 17 du Décret du 30 juillet 1987).

Le Tribunal administratif de Caen déduit de ces textes que le maintien du demi‑traitement ne s’applique qu’entre la date de fin des droits statutaires à congé de maladie et la date de la décision qui fixe la nouvelle position (reprise, reclassement, disponibilité ou retraite) ; une fois la disponibilité d’office prononcée, hors de cette fenêtre, l’agent ne peut se prévaloir de l’article 17 pour obtenir un demi‑traitement (TA Caen, 18 février 2026, n° 2401313).

En revanche, la question du droit aux prestations en espèces au titre de l’article 4 du décret de 1960 relève du régime spécial et de la compétence judiciaire, ce qui n’est pas nié par le tribunal mais simplement soustrait au contentieux administratif (TA Caen, 18 février 2026, n° 2401313).

B. Condition de fin de droits et rôle de la comparaison statutaire / sécurité sociale

La Cour d’appel d’Aix‑en‑Provence précise la condition de « fin de droits » ouvrant la voie aux indemnités de l’article 4 du décret de 1960 : il s’agit de l’épuisement des droits statutaires à congé rémunéré, les congés statutaires devant être intégrés dans le décompte des jours indemnisés au titre du régime général, l’objectif étant de « compléter les droits statutaires » pour atteindre le niveau des prestations du régime général dans une situation comparable (Cour d’appel d’Aix‑en‑Provence, 17 septembre 2015, n° 14/01774).

La cour insiste sur la méthode de comparaison : les agents bénéficient, « sans possibilité de cumul », de l’indemnité correspondant au plus élevé des avantages prévus par le statut ou par le régime général ; les avantages statutaires sont versés en priorité et intégralement, et ce n’est que s’ils sont inférieurs que l’employeur verse une indemnité différentielle ; en l’absence de tout traitement statutaire, l’administration verse la totalité des prestations de sécurité sociale (Cour d’appel d’Aix‑en‑Provence, 17 septembre 2015, n° 14/01774).

Cette logique est appliquée à la disponibilité d’office dans le jugement du Tribunal administratif de Toulouse : pour la période de disponibilité, l’agent a droit aux prestations en espèces, mais s’il perçoit au titre des textes statutaires un demi‑traitement d’un montant égal ou supérieur à ces prestations, il ne peut prétendre au versement des IJ en plus du demi‑traitement ; il ne reçoit que le demi‑traitement (TA Toulouse, 19 octobre 2023, n° 2100870).

Dans l’affaire examinée, le montant des prestations attribuées par la MGEN coïncidait exactement avec celui du demi‑traitement, de sorte que le fonctionnaire ne pouvait demander la restitution des IJ en sus du demi‑traitement déjà perçu (TA Toulouse, 19 octobre 2023, n° 2100870).

Le Tribunal administratif de Bastia, dans une situation de disponibilité d’office à la suite d’un congé de longue durée, reprend cette articulation : il qualifie les indemnités versées au titre de l’article D712‑12 du Code de la sécurité sociale de prestations de sécurité sociale relevant d’un régime spécial (compétence judiciaire) et juge que le demi‑traitement maintenu pendant la procédure crée des droits acquis insusceptibles de répétition, même si la décision de mise à la retraite rétroagit à la date de fin de congé (TA Bastia, 18 mars 2025, n° 2200864).

Ainsi, lorsque l’agent n’a plus droit à un traitement statutaire (fin de congé, décision de disponibilité), les IJ du régime spécial (D712‑12 du Code de la sécurité sociale ou article 4 du décret de 1960) peuvent être versées en totalité par l’employeur ; lorsqu’il bénéficie d’un demi‑traitement ou autre rémunération, seule une indemnité différentielle est due, et encore à condition que les IJ soient supérieures.

III. Limites liées au régime d’affiliation et aux dispositifs dérogatoires

A. Agents relevant de régimes spéciaux versus régime général

La Cour d’appel de Bordeaux, dans un litige relatif aux autorisations spéciales d’absence Covid de fonctionnaires territoriaux affiliés à la CNRACL, rappelle que l’article L16‑10‑1 du Code de la sécurité sociale, qui autorise des dérogations pour la prise en charge d’IJ en cas de risque sanitaire grave, est applicable au seul régime général (Cour d’appel de Bordeaux, 10 juillet 2025, n° 23/05391).

Le décret n° 2020‑73 pris sur ce fondement ne s’applique donc pas aux agents CNRACL, même s’il mentionne seulement la notion d’« assuré » ; la demande de la commune visant la prise en charge d’IJ par la CPAM pour ces fonctionnaires affiliés au régime spécial est jugée dépourvue de fondement législatif ou réglementaire (Cour d’appel de Bordeaux, 10 juillet 2025, n° 23/05391).

La réponse ministérielle produite dans ce dossier confirme que, pour les fonctionnaires territoriaux, seuls les contractuels et les fonctionnaires à temps non complet (moins de 28 heures) affiliés au régime général pouvaient bénéficier des IJ dérogatoires Covid, les autres agents relevant du régime spécial CNRACL ne pouvant bénéficier d’IJ du régime général, faute d’affiliation et de connaissance des revenus par les CPAM (Cour d’appel de Bordeaux, 10 juillet 2025, n° 23/05391).

En pratique, cela signifie que les cas où un fonctionnaire affilé à un régime spécial perçoit des IJ versées par son employeur public correspondent aux dispositifs de l’article D712‑12 du Code de la sécurité sociale ou de l’article 4 du décret de 1960 (régime spécial), et non aux IJ du régime général servies par la CPAM, sauf hypothèse spécifique d’affiliation au régime général (agents territoriaux à temps non complet, contractuels).

B. Versant des cotisations et subrogation de l’employeur

La Cour d’appel de Riom, dans un litige URSSAF / centre hospitalier, rappelle que les prestations de sécurité sociale versées au bénéfice des salariés « par l’entremise de l’employeur » ne doivent pas être comprises dans la rémunération au sens de l’article L242‑1 du Code de la sécurité sociale; en l’espèce, le centre hospitalier avait intégré à tort les IJ reversées par la CPAM dans l’assiette des cotisations, ce qui justifiait un remboursement d’indu (Cour d’appel de Riom, 30 mars 2021, n° 18/02102).

Cette décision illustre le mécanisme de versement indirect d’IJ par l’employeur subrogé dans les droits du salarié, prévu par l’article R433‑12 du Code de la sécurité sociale, dans le contexte des accidents du travail (Article R433-12 du Code de la sécurité sociale).

Ce schéma de subrogation (employeur recevant les IJ de la CPAM et les reversant au salarié, ou les intégrant dans un dispositif de maintien de salaire) ne se confond pas avec les prestations du régime spécial de l’article  D712‑12 du Code de la sécurité sociale ou de l’article 4 du décret de 1960, qui sont liquidées et payées directement par l’administration au titre de la sécurité sociale des fonctionnaires (Article L712-3 du Code de la sécurité sociale, Article 4 du Décret du 11 janvier 1960).

En disponibilité d’office, lorsque le fonctionnaire ne relève plus d’un congé statutaire ouvrant droit à traitement, ce sont les indemnités du régime spécial qui prennent le relais, versées par l’employeur ; en cas de maintien de salaire par l’employeur durant un arrêt relevant du régime général, l’employeur peut être subrogé et recevoir les IJ de la CPAM conformément à l’article R433‑12 du Code de la sécurité sociale, mais ce point n’est pas directement en jeu dans les affaires de DORS analysées.

Conclusion

Un fonctionnaire en fin de droit à congé maladie placé en disponibilité d’office pour raison de santé peut percevoir des indemnités journalières de sécurité sociale versées par son employeur public lorsque deux conditions cumulatives sont remplies : d’une part, il répond aux critères d’ouverture des droits à prestations en espèces du régime d’assurance maladie (livre III du Code de la sécurité sociale) ; d’autre part, soit il ne bénéficie plus d’aucune rémunération statutaire (l’employeur lui verse alors en totalité les indemnités du régime spécial prévues par l’article D712‑12 du Code de la sécurité sociale ou par l’article 4 du décret du 11 janvier 1960), soit ses avantages statutaires (notamment le demi‑traitement éventuellement maintenu pendant la procédure) sont inférieurs aux prestations calculées, ce qui ouvre droit à une indemnité différentielle versée par l’employeur.

Les textes et décisions disponibles montrent une articulation stricte entre statut et régime de sécurité sociale, un principe de non‑cumul et des limites liées au régime d’affiliation (régime général versus régimes spéciaux), ce qui restreint sensiblement les hypothèses où des IJ au sens du régime général sont versées via l’employeur public à des fonctionnaires en DORS ; en pratique, ce sont essentiellement les indemnités du régime spécial, assimilées à des IJ, qui sont en cause.

 

En résumé :

 

Point clé

Règle applicable et portée

Référence

Conseils pratiques

Indemnités du régime spécial (État) en cas de fin de congés

Le fonctionnaire qui ne peut plus bénéficier des congés de maladie/longue maladie/longue durée mais remplit les conditions du régime général a droit à une indemnité calculée sur son traitement, l’indemnité de résidence et les avantages familiaux, sous plafonds, liquidée et payée par l’administration au titre du régime spécial.

(Article D712-12 du Code de la sécurité sociale, Article L712-3 du Code de la sécurité sociale, TA Lyon, 30 septembre 2022, n° 2103636)

En disponibilité d’office sans droits statutaires résiduels, le fonctionnaire perçoit directement de l’employeur les indemnités calculées selon D712‑12.

Indemnités du régime spécial (territorial) après épuisement des congés

L’agent ayant épuisé ses droits à rémunération statutaire et remplissant les conditions du régime général a droit à une indemnité calculée sur une fraction de son traitement, de l’indemnité de résidence et des avantages familiaux ; si des avantages statutaires subsistent mais sont inférieurs aux prestations ainsi définies, une indemnité différentielle est due.

(Article 4 du Décret du 11 janvier 1960, Cour d’appel d’Aix-en-Provence, 17 septembre 2015, n° 14/01774, TA Caen, 18 février 2026, n° 2401313)

Pour un fonctionnaire territorial en DORS, l’analyse se fait au regard de l’article 4 du décret de 1960 : en l’absence de traitement, l’employeur verse la totalité des prestations ; en cas de demi‑traitement inférieur, il doit verser une indemnité différentielle.

Priorité des avantages statutaires et non‑cumul avec les IJ

Les prestations d’assurance maladie sont applicables subsidiairement au statut ; les avantages statutaires sont servis par priorité et intégralement, sans possibilité de cumul avec les IJ ; en cas de demi‑traitement inférieur aux prestations, une indemnité différentielle est versée, et en l’absence de traitement, la totalité des prestations est payée par l’administration.

(TA Toulouse, 19 octobre 2023, n° 2100870, TA Paris, 2 août 2023, n° 2125310, Cour d’appel d’Aix-en-Provence, 17 septembre 2015, n° 14/01774)

En DORS, il faut systématiquement comparer le demi‑traitement éventuellement servi aux IJ théoriques ; seules les situations où les IJ dépassent le demi‑traitement ouvrent droit à un complément versé par l’employeur.

Limites liées à l’affiliation (régime général / régime spécial)

Les dispositifs dérogatoires prévus par L16‑10‑1 (ex. décret Covid) sont réservés au régime général et ne s’appliquent pas aux fonctionnaires affiliés à la CNRACL ; pour ces derniers, seules les prestations du régime spécial peuvent être versées, les CPAM n’ayant ni compétence ni données de revenus.

(Cour d’appel de Bordeaux, 10 juillet 2025, n° 23/05391)

Un fonctionnaire territorial en DORS relevant de la CNRACL ne peut obtenir des IJ du régime général via la CPAM ; ses droits en DORS doivent être recherchés dans le régime spécial (décret de 1960, D712‑12) et non dans les textes propres au régime général.

Compétence juridictionnelle pour les prestations du régime spécial

Les litiges relatifs aux indemnités versées en application de D712‑12 ou de l’article 4 du décret de 1960, qualifiées de prestations de sécurité sociale du régime spécial, relèvent du juge judiciaire, même si la décision litigieuse émane d’une autorité administrative.

(TA Lyon, 30 septembre 2022, n° 2103636, TA Bastia, 18 mars 2025, n° 2200864, TA Caen, 18 février 2026, n° 2401313)

En cas de contestation du refus ou de la récupération d’indemnités versées en DORS au titre du régime spécial, la voie de droit pertinente est celle du contentieux de la sécurité sociale devant le juge judiciaire, non celle du recours pour excès de pouvoir devant le juge administratif.