Deux décrets du 16 septembre 2026, publiés au Journal officiel du 18 septembre, ramènent de trois ans à un an la durée maximale dérogatoire d’indemnisation des arrêts de travail. Tout se joue sur un point : l’affection de longue durée est-elle, ou non, « exonérante » ?

Les règles de base

Pendant un arrêt de travail, le contrat est suspendu et le salarié perçoit des indemnités journalières, complétées par l’employeur aux conditions de l’article L. 1226-1 du code du travail. Ce versement n’est pas indéfini : le code de la sécurité sociale plafonne le nombre d’indemnités et prévoit, pour les affections de longue durée relevant de son article L. 324-1, une durée dérogatoire. C’est elle qui change.

Exonérante ou non : la distinction à connaître

Le critère n’est ni la gravité de la maladie, ni la durée de l’arrêt : c’est le régime de prise en charge des frais de santé. Deux situations, visées aux 3° et 4° de l’article L. 160-14 du code de la sécurité sociale, permettent de limiter ou supprimer sa participation — le ticket modérateur. Le 3° vise les affections inscrites sur une liste fixée par décret après avis de la Haute Autorité de santé, comportant un traitement prolongé et une thérapeutique particulièrement coûteuse. Le 4° vise, hors liste, l’assuré reconnu par le service du contrôle médical atteint d’une affection grave caractérisée, ou de plusieurs affections entraînant un état pathologique invalidant, exigeant le même traitement prolongé et coûteux. C’est l’affection de longue durée « exonérante ».

À l’inverse, un salarié peut relever d’un protocole de soins établi par son médecin traitant au titre de l’article L. 324-1 — procédure prévue en cas d’affection de longue durée avec interruption de travail ou soins continus prolongés — sans exonération pour autant. C’est l’affection dite « non exonérante » : un suivi prolongé, mais le ticket modérateur reste à sa charge. C’est cette catégorie qui passe à un an. Le repère est concret : le directeur de la caisse notifie à l’assuré la décision statuant sur la limitation ou la suppression de sa participation. C’est ce courrier, et non le certificat d’arrêt, qui indique de quel régime on relève.

Ce que prévoient les décrets du 16 septembre 2026

Le décret n° 2026-866 (JORF n° 0218 du 18 septembre 2026) réécrit l’article R. 323-1 du code de la sécurité sociale : pour les affections relevant de l’article L. 324-1, la durée maximale de versement reste de trois ans en cas d’exonération, et tombe à un an à défaut ; dans les deux cas, la durée de reprise du travail au-delà de laquelle un nouveau délai recommence à courir est d’un an. Le décret n° 2026-867 fait de même pour les travailleurs indépendants et certains agents publics. Elles visent les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 et ceux en cours à cette date pour une incapacité atteignant six mois à compter de celle-ci ; les assurés déjà admis sans exonération conservent les textes antérieurs jusqu’au terme des trois ans. Un second volet permet de pénaliser l’assuré qui abuserait de sa qualité pour obtenir « une prescription d’un arrêt de travail non justifié » (article R. 147-6), dans la ligne des débats sur les arrêts dits de complaisance.

Portée pratique pour les employeurs et les services RH

•  Recenser les absences longues et repérer celles qui atteindront six mois de suite après le 15 octobre 2026 : elles basculent les premières.

•  Ne pas chercher à connaître le statut ALD du salarié : pathologie et exonération relèvent du secret médical. Le service RH raisonne sur des dates, pas sur un diagnostic.

•  Reprendre la convention collective et la prévoyance pour savoir ce qui reste dû quand les indemnités cessent, et interroger l’assureur par écrit.

•  Sécuriser le retour : dès la fin d’arrêt connue, saisir le service de santé au travail pour la visite de reprise dans les huit jours (article R. 4624-31), puis appliquer ses préconisations. Un licenciement lié à une absence prolongée obéit à des conditions strictes ; au conseil de prud’hommes, c’est l’employeur qui devra justifier de ses diligences.

Ce que cela change pour le salarié : il doit vérifier la notification de sa caisse, qui dit si sa participation aux frais de santé est limitée ou supprimée, et demander le décompte des indemnités versées : c’est ce qui détermine s’il relève d’un an ou de trois ans. S’il pense relever du 4° de l’article L. 160-14, il en parlera à son médecin traitant, et pourra solliciter une visite de préreprise pour anticiper un aménagement de poste ou un constat d’inaptitude.

Point de vigilance

Le point sensible est le maintien de salaire. Il est soumis en effet au versement d’indemnités de la sécurité sociale.