L'avis de l'ABF doit être motivé (C. urbanisme, article R. 423-59). Cette motivation pourra faire l'objet d'un contrôle soit à l'occasion d'un recours contre cet avis devant le préfet de région, soit devant le juge administratif en cas de recours pour excès de pouvoir. Le tribunal administratif de Versailles a toutefois considéré qu'en cas de recours du pétitionnaire contre le refus d'un permis de construire, ledit pétitionnaire ne pouvait contester l'avis de l'ABF devant le juge que dans l'hypothèse où il aurait préalablement exercé un recours contre cet avis devant le préfet de région.