En 2026, le refus de congé de longue maladie ou de longue durée repose sur une grille de contrôle substantielle stabilisée autour de trois exigences cumulatives (impossibilité d’exercer, traitement et soins prolongés, caractère invalidant et de gravité confirmée) et, pour les congés imputables au service, sur l’existence d’un lien direct entre la pathologie et les conditions de travail au sens de la jurisprudence de principe du Conseil d’État (Article 18 du Décret n°87-602 du 30 juillet 1987, Conseil d'État, 13 mars 2019, 407795, CAA Bordeaux, 10 février 2026, 23BX03223, TA Rennes, 29 avril 2026, n° 2401575).

Les décisions de 2026 marquent surtout un raffinement du contrôle du juge administratif sur la gravité de la pathologie, la motivation des refus et les conséquences statutaires (disponibilité d’office, régularisations rétroactives), plutôt qu’un bouleversement des critères légaux : l’office du juge se densifie sur l’examen des pièces médicales, le respect des procédures de saisine des conseils médicaux et la qualification des décisions créatrices de droits (TA Rennes, 6 mars 2026, n° 2404440, TA Nice, 5 mars 2026, n° 2305326, TA Montpellier, 6 février 2026, n° 2307181, TA Nîmes, 22 janvier 2026, n° 2400138).

Conditions, procédures et effets du refus

I. Raffermissement des critères matériels d’octroi du congé

Le critère central de « gravité confirmée » de la maladie est appliqué de manière restrictive et fortement médicalisée. Pour le congé de longue maladie, les textes exigent une impossibilité d’exercer, un traitement et des soins prolongés et un caractère invalidant et de gravité confirmée (Article 18 du Décret n°87-602 du 30 juillet 1987, Article 33 du Décret n°88-386 du 19 avril 1988, repris par l’article L. 822‑6 du code général de la fonction publique dans les décisions de 2026 : TA Rennes, 6 mars 2026, n° 2404440, TA Orléans, 15 avril 2026, n° 2401476, TA Nice, 5 mars 2026, n° 2305326, TA Rennes, 29 avril 2026, n° 2401575).

Les juges opèrent une lecture cumulative de ces critères : ainsi, l’existence d’un syndrome douloureux invalidant ou d’un trouble anxio‑dépressif sévère ne suffit pas si la gravité n’est pas « confirmée » par des éléments cliniques circonstanciés (TA Orléans refuse le CLM faute de démonstration de gravité malgré un syndrome douloureux « fortement invalidant » : TA Orléans, 15 avril 2026, n° 2401476 ; TA Nîmes substitue au motif illégal tiré de l’absence d’inscription au tableau celui, légal, d’absence de gravité confirmée : TA Nîmes, 22 janvier 2026, n° 2400138).

En pratique, les décisions de 2026 montrent un contrôle serré du contenu des certificats et expertises : les certificats lapidaires préconisant un CLM sont systématiquement écartés au profit des avis circonstanciés des conseils médicaux et experts agréés.

La cour administrative d’appel de Bordeaux illustre cette tendance en reprenant en détail l’avis du comité médical et l’expertise rhumatologique pour conclure que la discopathie, la fibromyalgie et le syndrome dépressif invoqués ne présentent pas un caractère de gravité confirmée au sens de l’article 57 de la loi n° 84‑53, justifiant le refus de CLM et le placement en disponibilité d’office (CAA Bordeaux, 10 février 2026, 23BX03223).

De même, le TA de Rennes (2e chambre) refuse d’indemniser le refus de CLM en considérant que la dégradation majeure de l’état de santé (crises de panique, hypersomnie, tremblements invalidants) est postérieure à la décision de refus et ne permet pas de caractériser la gravité au moment de celle‑ci (TA Rennes, 29 avril 2026, n° 2401575).

S’agissant des affections mentales, les juges confirment le principe que les « maladies mentales » figurent dans la liste indicative du CLM mais réaffirment que cette inscription ne dispense pas de prouver la gravité confirmée.

Ainsi, le TA de Nîmes reconnaît que la dépression majeure du requérant relève des « maladies mentales » visées par l’arrêté du 14 mars 1986, mais valide, par substitution de motif, le refus de CLM au regard d’un avis du comité médical concluant à l’absence de gravité confirmée, les pièces produites ne révélant pas une intensité telle qu’ouverte à ce régime (TA Nîmes, 22 janvier 2026, n° 2400138).

À l’inverse, le TA de Rennes (4e chambre) estime que la pathologie psychique d’une agente du CHU (syndrome anxio‑dépressif avec éléments de stress post‑traumatique) peut, à terme, atteindre ou dépasser le seuil d’incapacité de 25 % exigé pour l’imputabilité au service, et ordonne une expertise pour trancher, montrant une ouverture accrue à la prise en compte des évolutions cliniques dans le temps (TA Rennes, 6 mars 2026, n° 2404440).

En matière d’imputabilité au service des maladies psychiques, la jurisprudence de principe du Conseil d’État est constamment mobilisée : "Une maladie contractée par un fonctionnaire, ou son aggravation, doit être regardée comme imputable au service si elle présente un lien direct avec l'exercice des fonctions ou avec des conditions de travail de nature à susciter le développement de la maladie en cause, sauf à ce qu'un fait personnel de l'agent ou toute autre circonstance particulière conduisent à détacher la survenance ou l'aggravation de la maladie du service" (Conseil d'État, 13 mars 2019, 407795).

Les juges de 2026 appliquent ce standard notamment pour distinguer le régime de congé de longue maladie « classique » (fondé sur la gravité intrinsèque) du congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS), surtout en présence de lombalgies invalidantes ou de syndromes anxio‑dépressifs directement liés à des accidents ou conditions de travail dégradées, comme le montre le jugement du TA de Bastia qui impose le maintien de l’agent en CITIS avec plein traitement dès lors que le lien direct et essentiel avec l’accident de service est établi (TA Bastia, 13 mars 2026, n° 2400935).

II. Procédures de refus, rôle des conseils médicaux et exigences de motivation

Les décisions de 2026 confirment la montée en puissance des exigences procédurales autour des avis des conseils médicaux et de la motivation des refus de congé de longue maladie ou de longue durée.

D’abord, les textes sectoriels imposent une saisine et un avis du conseil médical (ou du comité médical) pour l’octroi ou le renouvellement des CLM/CLD, avec des modalités précises de saisine par certificat médical et résumé adressés au président du conseil médical (Article 24 du Décret n°88‑386 du 19 avril 1988, Article 26 du Décret n°87‑602 du 30 juillet 1987).

Le TA de Rennes (4e chambre) illustre une première évolution en rappelant que, si l’avis du conseil médical en formation restreinte est obligatoire, aucune disposition n’impose sa motivation formelle, de sorte que le moyen tiré du défaut de motivation d’un avis restreint est écarté, tandis que seul l’avis en formation plénière est expressément tenu d’être motivé (TA Rennes, 6 mars 2026, n° 2404440).

En parallèle, les juges renforcent l’idée que l’administration n’est pas liée par l’avis médical et doit exercer son propre pouvoir d’appréciation, tout en pouvant s’y référer.

Le TA de Nice considère que la circonstance que l’hôpital se soit « approprié » l’avis défavorable du conseil médical ne suffit pas à entacher d’illégalité la décision de refus de CLM, en rappelant que le refus est une décision administrative autonome soumise au contrôle de la légalité et aux critères légaux (TA Nice, 5 mars 2026, n° 2305326).

A contrario, le TA de Bastia annule le refus de congé de longue durée d’un CCAS au motif que le président s’est cru à tort lié par l’avis défavorable du conseil médical, ce qui révèle une erreur de droit sur sa compétence et l’étendue de son pouvoir d’appréciation ("alors qu'il n'était pas tenu de suivre l'avis du conseil médical (…) le président du CCAS a méconnu sa propre compétence, se croyant, à tort, lié par ledit avis" : TA Bastia, 13 mars 2026, n° 2400935).

Cette exigence de ne pas se considérer en compétence liée marque une clarification de l’office de l’autorité administrative dans l’arbitrage entre les avis médicaux et les critères statutaires.

Sur la motivation, la convergence des décisions est nette : le refus de congé de longue maladie/durée est regardé comme un refus d’avantage dont l’attribution constitue un droit pour les agents remplissant les conditions légales et doit donc être motivé au sens du 6° de l’article L. 211‑2 du code des relations entre le public et l’administration (TA Nice, 5 mars 2026, n° 2305326, TA Paris, 13 mai 2026, n° 2613338).

Le TA de Nice qualifie explicitement le refus de CLM d’acte devant être motivé, tout en rejetant le moyen faute de défaut effectif de motivation, la décision visant la loi hospitalière et le décret de 1988, et se référant à l’avis défavorable du conseil médical indiquant que « tous les critères médicaux (…) ne sont pas réunis » (TA Nice, 5 mars 2026, n° 2305326).

Le juge des référés du TA de Paris va plus loin dans le cadre d’un référé-suspension : il juge qu’un arrêté prolongeant un congé de longue durée à demi‑traitement, en tant qu’il refuse le congé de longue maladie sollicité, doit exposer les considérations de fait justifiant ce refus, et constate un doute sérieux sur sa légalité dès lors ni l’arrêté ni l’avis du conseil médical ne mentionnent les éléments factuels retenus pour refuser le CLM en dépit d’une demande régulière appuyée par certificat et expertise ("cette décision pas plus que l’avis ainsi visé ne mentionne les éléments de fait pour lesquels un congé de longue maladie est refusé" : TA Paris, 13 mai 2026, n° 2613338).

Enfin, plusieurs décisions de 2026 consacrent la pratique de la substitution de motif, permettant de sauver la légalité d’un refus de congé lorsque le motif initial est illégal mais qu’un motif tiré de l’absence de gravité confirmée est légalement établi.

Dans l’affaire jugée par le TA de Nîmes, le maire avait refusé le CLM au motif erroné que la pathologie ne figurait pas sur la liste des affections ouvrant droit à CLM ; le tribunal relève que la dépression majeure est bien une maladie mentale visée par l’arrêté de 1986, mais admet la substitution d’un motif fondé sur l’avis du comité médical concluant à l’absence de gravité confirmée, la pathologie ne présentant pas un caractère invalidant et grave selon les pièces médicales, et estime que l’administration aurait pris la même décision sur ce seul motif (TA Nîmes, 22 janvier 2026, n° 2400138).

Ce mécanisme confirme une évolution vers un contrôle essentiellement axé sur la matérialité de la gravité plutôt que sur de simples vices de qualification juridique de la maladie.

III. Conséquences statutaires du refus et régimes alternatifs (disponibilité, reclassement, CITIS, régularisation rétroactive)

Les décisions de 2026 clarifient les conséquences statutaires du refus de congé de longue maladie/durée, en particulier le placement en disponibilité d’office, le recours au CITIS et la régularisation rétroactive des positions de congé.

Les textes prévoient qu’à l’expiration des droits à congé de maladie ordinaire, si l’agent ne peut reprendre son service et qu’il ne remplit pas les conditions d’un CLM/CLD, il doit être placé dans une position statutaire régulière : reclassement, période préparatoire au reclassement (PPR), disponibilité d’office ou retraite, après avis du conseil médical (Article 37 du Décret n°87‑602 du 30 juillet 1987, Article 35 du Décret n°88‑386 du 19 avril 1988).

Le TA de Nîmes rappelle que le fonctionnaire ayant épuisé ses droits à congé de maladie ordinaire et jugé définitivement inapte à tout emploi ne peut plus prétendre à un CLM/CLD, ces congés étant réservés aux agents susceptibles d’être ultérieurement jugés aptes à un emploi, et valide le placement en disponibilité d’office pour raisons de santé à l’issue des CMO (TA Nîmes, 22 janvier 2026, n° 2400138).

De même, la CAA Bordeaux et le TA Toulouse contrôlent la légalité de la disponibilité d’office et du recours à la PPR en les rattachant au refus de CLM et à la fin des droits à congé, en jugeant que la disponibilité d’office était la position régulière justifiée faute de gravité confirmée (CAA Bordeaux, 10 février 2026, 23BX03223, TA Toulouse, 19 février 2026, n° 2600801).

Parallèlement, la jurisprudence de 2026 confirme que lorsque les conditions d’imputabilité au service sont réunies, l’agent doit être placé en CITIS à plein traitement plutôt qu’en CMO ou CLM non imputable.

Le TA de Bastia annule les décisions d’un CCAS ayant placé un agent en maladie ordinaire et refusé le congé de longue durée pour une pathologie anxio‑dépressive liée à un accident de service, en retenant que les expertises médicales établissent un lien direct et certain entre les arrêts de travail et l’accident, et enjoignant de placer l’agent en CITIS à compter de la date de consolidation contestée (TA Bastia, 13 mars 2026, n° 2400935).

Cette solution illustre une évolution vers une protection renforcée des droits à plein traitement en cas de pathologie imputable au service, indépendamment du qualificatif CLM/CLD.

Enfin, la décision du TA de Montpellier systématise l’usage de la « régularisation rétroactive » des positions de congé pour mettre l’agent dans une situation statutaire conforme aux textes, sans retrait illégal d’actes créateurs de droits.

Le tribunal juge que la requalification rétroactive d’un congé de longue maladie en congé de longue durée, avec recomptage des années de plein et demi‑traitement conformément à l’article L. 822‑14, ne porte pas atteinte aux droits de l’agent dès lors qu’il conserve un plein traitement pour la durée maximale de trois ans et qu’au‑delà la demi‑solde est légalement applicable, et que la rétroactivité est ici justifiée par la nécessité d’assurer la continuité de la carrière et la régularisation de la situation (TA Montpellier, 6 février 2026, n° 2307181).

Le juge articule cette régularisation avec le régime de retrait des actes créateurs de droits (article L. 242‑1 du CRPA) et les exigences de motivation et de procédure contradictoire, en admettant un retrait dans le délai de quatre mois d’un arrêté accordant à tort le plein traitement au‑delà de la période maximale, et en constatant que l’agent a pu présenter des observations sur la requalification (TA Montpellier, 6 février 2026, n° 2307181).

Cette jurisprudence marque une évolution pratique importante : la régularisation ex post des congés de longue maladie/durée devient un outil massif de mise en conformité des carrières, sous réserve du respect du cadre temporel et contradictoire.

Conclusion

En 2026, le refus de congé de longue maladie ou de longue durée est dominé par un contrôle renforcé de la gravité confirmée de la pathologie, une exigence accrue de motivation des décisions et une clarification des interactions entre avis des conseils médicaux et pouvoir d’appréciation de l’administration.

Les tensions se concentrent sur l’appréciation médicale de la gravité (notamment pour les affections psychiques) et sur la frontière entre congés statutaires « classiques » et congés imputables au service, ainsi que sur la régularisation rétroactive des positions de congé.

Sur le plan pratique, ces évolutions imposent une vigilance soutenue sur la qualité des dossiers médicaux, la traçabilité des avis et des motifs, et l’anticipation des conséquences statutaires et indemnitaires des refus de congé, notamment en termes de disponibilité d’office, CITIS et PPR.

En résumé :

Point structurant

Règle / enseignement principal

Référence

Conseils pratiques

Critères matériels du CLM/CLD (gravité confirmée, invalidité, soins prolongés)

Les conditions sont cumulatives et strictement appréciées, les certificats généraux sont écartés au profit d’avis médicaux circonstanciés ; la gravité doit être établie à la date de la décision

(Article 18 du Décret n°87-602 du 30 juillet 1987, CAA Bordeaux, 10 février 2026, 23BX03223, TA Orléans, 15 avril 2026, n° 2401476, TA Rennes, 29 avril 2026, n° 2401575)

L’argumentation sur la gravité de la pathologie s’appuie sur des pièces médicales détaillées couvrant la période de la décision, en montrant l’invalidité et la nécessité de soins prolongés

Rôle des conseils médicaux et absence de compétence liée

L’avis du conseil médical est obligatoire mais l’administration conserve un pouvoir d’appréciation et commet une erreur de droit si elle se croit liée ; l’avis restreint n’est pas nécessairement motivé

(Article 26 du Décret n°87-602 du 30 juillet 1987, TA Rennes, 6 mars 2026, n° 2404440, TA Nice, 5 mars 2026, n° 2305326, TA Bastia, 13 mars 2026, n° 2400935)

Les recours contre les refus de congé visent à la fois l’appréciation propre de l’administration et, le cas échéant, la méconnaissance de son pouvoir d’appréciation par rapport à l’avis médical

Motivation des refus de congé et substitution de motif

Le refus de CLM/CLD est une décision défavorable refusant un droit conditionnel et doit être motivé ; un motif illégal peut être remplacé par un motif tiré de l’absence de gravité confirmée si les garanties procédurales sont respectées

(TA Nice, 5 mars 2026, n° 2305326, TA Paris, 13 mai 2026, n° 2613338, TA Nîmes, 22 janvier 2026, n° 2400138)

La contestation porte sur l’insuffisance de motivation et sur la matérialité des critères de gravité, en anticipant la possibilité que le juge opère une substitution de motif au profit d’un motif médical solide

Conséquences statutaires du refus : disponibilité, CITIS, PPR

À l’épuisement des CMO, en l’absence de conditions du CLM/CLD, l’agent est placé en position régulière (disponibilité d’office, PPR, reclassement, CITIS en cas d’imputabilité) ; le CITIS avec plein traitement est imposé en cas de lien direct avec un accident de service

(Article 37 du Décret n°87-602 du 30 juillet 1987, CAA Bordeaux, 10 février 2026, 23BX03223, TA Toulouse, 19 février 2026, n° 2600801, TA Bastia, 13 mars 2026, n° 2400935)

L’analyse intègre systématiquement les voies alternatives (CITIS, PPR, reclassement, disponibilité) et leur impact sur le traitement, pour orienter le contentieux et les demandes d’injonction

Régularisation rétroactive des positions de congé et retrait d’actes créateurs de droits

La requalification rétroactive des congés (CLM en CLD, ajustement des périodes de plein/demi‑traitement) est admise dès lors qu’elle régularise la carrière sans retirer illégalement un droit et respecte le délai de quatre mois pour les retraits

(TA Montpellier, 6 février 2026, n° 2307181, Article 18 du Décret n°87-602 du 30 juillet 1987)

Les recours contre les régularisations rétroactives examinent la portée créatrice de droits des arrêtés antérieurs, le respect du délai de retrait et l’équilibre entre plein traitement et demi‑traitement sur la durée maximale légale des c