L'assurance maladie, en vertu de l'article L. 321-1 du code de la sécurité sociale, garantit le versement d'indemnités journalières à l'assuré dont l'incapacité physique est constatée par certificat médical. La question de l'opposabilité d'une expertise médicale à un nouvel arrêt de travail prescrit pour une pathologie distincte soulève des difficultés particulières lorsque la chronologie des événements laisse présumer un lien entre les deux situations médicales.
Un salarié, ayant surmonté un cancer en 2016 et repris son activité professionnelle en 2017, se trouve à nouveau en arrêt de travail à compter de 2019 pour asthénie intense. La caisse primaire d'assurance maladie cesse de prendre en charge cet arrêt le 11 décembre 2019, au vu des conclusions d'un expert qui retient une aptitude à la reprise du travail au 17 décembre suivant. Deux jours plus tard, le 19 décembre 2019, un nouvel arrêt de travail est prescrit pour syndrome anxio-dépressif réactionnel, prolongé jusqu'au 26 février 2021. La caisse refuse l'indemnisation de ce nouvel arrêt. L'assuré saisit la commission de recours amiable, qui confirme le refus le 12 octobre 2021, puis le tribunal judiciaire.
Le tribunal judiciaire de Strasbourg, par jugement du 9 novembre 2022, accueille la contestation de l'assuré. Il juge que l'avis de l'expert, portant sur l'aptitude au 17 décembre 2019, ne pouvait préjuger de l'état de santé au 19 décembre suivant pour une pathologie nouvelle. Il condamne la caisse au paiement des indemnités journalières et de dommages et intérêts pour la perte de trimestres de retraite. La caisse interjette appel.
Devant la cour d'appel de Colmar, la caisse soutient que le certificat médical prescrivant le nouvel arrêt n'est pas compatible avec les conclusions de l'expert et qu'aucun élément médical ne corrobore la réalité du syndrome anxio-dépressif allégué. L'assuré répond que l'expertise, limitée à l'asthénie, ne pouvait porter sur une pathologie future et que son inaptitude ultérieurement prononcée par la médecine du travail démontre sa réelle incapacité.
La question posée à la cour était de déterminer si la caisse pouvait refuser l'indemnisation d'un arrêt de travail prescrit pour une nouvelle pathologie lorsque le certificat médical, bien que régulier en la forme, apparaît contredit par une expertise antérieure et n'est corroboré par aucun élément objectif.
La cour d'appel de Colmar, par arrêt du 11 septembre 2025, infirme le jugement. Elle juge que « ce texte n'instaure pas une automaticité de la prise en charge au seul vu d'un certificat médical » et que la caisse peut « mettre en doute ce certificat si elle dispose d'éléments contraires ». Elle relève que la nouvelle pathologie, survenue deux jours après l'avis d'aptitude, « a légitimement pu être regardée comme suspecte » et que sa réalité « n'est corroborée par aucun élément versé aux débats ».
Cette décision illustre les limites de la force probante du certificat médical en matière d'arrêt de travail et mérite examen tant sur le plan de l'appréciation de la réalité de l'incapacité par la caisse (I) que sur celui des conséquences du refus d'indemnisation sur l'action indemnitaire de l'assuré (II).
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