Il est courant d'entendre dire que les fonctionnaires bénéficient d'avantages sociaux, lorsqu'ils sont en maladie, supérieurs à ceux des salariés du secteur privé. Il ne s'agit en réalité que d'une idée reçue et la réalité est bien différente. D'ailleurs, l'article L.712-1 du code de la sécurité sociale a pris en compte la possibilité que le fonctionnaire soit socialement moins bien traité que le salarié de droit privé. Cet article dispose que « Les fonctionnaires en activité, soumis au statut général, et les magistrats de l'ordre judiciaire bénéficient, ainsi que leur famille, dans le cas de maladie, maternité, invalidité et décès, de prestations au moins égales à celles qui résultent de la législation relative au régime général de sécurité sociale. »

Le régime général de sécurité sociale indemnise les salariés du secteur privé dans la limite de trois années alors que les fonctionnaires en fin de droit à congés de maladie ordinaire n'ont bénéficié, de par l'avantage statutaire, que d'un an d'indemnisation. (3 mois à plein traitement déplafonné et 9 mois à demi-traitement déplafonné). Ces agents, dans la mesure où bien sûr il ne pourrait pas prétendre à un congé de longue maladie de trois ans, pour une maladie grave, invalidante et nécessitant des soins prolongés, peuvent percevoir pendant deux ans maximum une indemnité de coordination calculée sur les bases des indemnités journalières de sécurité sociale précisées dans le code de sécurité sociale. Celle-ci est versée à l'agent, alors qu'il a été placé en position de disponibilité d'office pour inaptitude physique temporaire, par son employeur public.

Il faut également savoir que lorsque le fonctionnaire ayant au moins trois enfants à charge placé en congé de maladie ordinaire, perçoit un demi traitement à partir du quatrième mois d'arrêt. Là encore, le régime général de sécurité sociale est plus favorable que le statut de la fonction publique, car il permet au salarié ayant au moins trois enfants à charge, à partir du 31ème jour d'arrêt consécutif de bénéficier de deux tiers de traitement plafonné à 1/540ème de plafond annuel sécurité sociale. L'agent pourra donc prétendre au versement d'une indemnité différentielle égale à la différence entre son demi traitement et deux tiers de traitement plafonné à 1/540ème de plafond annuel sécurité sociale. En effet, le paragraphe II de l'article 4 du décret 60-58 du 11 Janvier 1960 dispose que : « II - Lorsque l'agent continue à bénéficier, en cas de maladie, d'avantages statutaires, mais que ceux-ci sont inférieurs au montant des prestations en espèces de l'assurance maladie, telles qu'elles sont définies au paragraphe 1er du présent article, l'intéressé reçoit, s'il remplit les conditions visées audit paragraphe, une indemnité égale à la différence entre ces prestations en espèces et les avantages statutaires. »