OUI : un agent territorial dont la demande de reconnaissance d’un accident imputable au service est refusée peut, parallèlement à un recours en annulation contre ce refus, déposer une déclaration de maladie professionnelle dès lors qu’il respecte les conditions de forme et de délai, en particulier le délai de deux ans prévu pour la déclaration de maladie professionnelle à compter de la première constatation médicale ou de l’information sur le lien possible avec l’activité professionnelle (Article 37-3 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987). Le recours contentieux portant sur l’accident et la procédure de déclaration de maladie professionnelle constituent des litiges distincts, et, selon le juge, la procédure relative à l’accident ne suspend ni n’interrompt le délai de deux ans pour la maladie professionnelle, qui demeure opposable sauf force majeure, impossibilité absolue ou motifs légitimes (Tribunal administratif de Strasbourg, 9 juin 2026, n° 2402857).

La jurisprudence retient explicitement que les droits de l’agent en matière d’accident de service et de maladie professionnelle sont constitués à la date de survenance de l’accident ou de diagnostic de la maladie, mais que les voies de recours sur l’un n’emportent pas nécessairement effet sur les délais de l’autre (Tribunal administratif de Melun, 6 juin 2024, n° 2007968 ; Tribunal administratif de Strasbourg, 9 juin 2026, n° 2402857). Dans cette logique, le Conseil d’État a rappelé, dans un autre contexte, qu’une demande visant un objet distinct de l’exécution d’une décision antérieure soulève un litige différent, ce qui confirme la possibilité de démarches parallèles sur des fondements juridiques distincts (Conseil d’État, 13 juillet 2016, n° 359366).

Délais et articulation des procédures

I. Régime textuel de la déclaration de maladie professionnelle

A. Délais de déclaration et point de départ

Pour la fonction publique territoriale, la maladie professionnelle est déclarée selon les règles du décret n°87-602 du 30 juillet 1987, modifié par le décret du 10 avril 2019 sur le congé pour invalidité temporaire imputable au service (CITIS). La déclaration de maladie professionnelle doit être adressée à l’autorité territoriale dans un délai de deux ans à compter de la date de la première constatation médicale de la maladie, ou de la date à laquelle le fonctionnaire est informé par certificat médical du lien possible entre sa maladie et une activité professionnelle (Article 37-3 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987). Ce délai est impératif : lorsque les délais prévus pour la déclaration d’accident (quinze jours) ou de maladie professionnelle (deux ans) ne sont pas respectés, la demande de l’agent est rejetée, sous réserve des cas où l’agent entre dans le champ de l’article L.169-1 du code de la sécurité sociale ou justifie d’un cas de force majeure, d’impossibilité absolue ou de motifs légitimes (Article 37-3 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987).

Les décisions de première instance sur des agents territoriaux ou d’État appliquant des textes de structure identique (articles 47-3 pour l’État, 37-3 pour les territoriaux, 35-3 pour la FPH) illustrent que le point de départ du délai de deux ans est rigoureusement apprécié : le tribunal de Nîmes a ainsi retenu que la première constatation médicale d’un syndrome anxio-dépressif réactionnel remonte au certificat initial daté du 3 mars 2020, de sorte que le délai expirait le 3 mars 2022, la demande du 23 mars 2022 étant tardive (Tribunal administratif de Nîmes, 9 juillet 2024, n° 2201485). De même, le tribunal de Strasbourg considère, pour un attaché territorial victime d’un harcèlement reconnu au pénal, que des certificats médicaux de 2018 et 2019 font courir le délai de deux ans qui, en application des dispositions transitoires, commence au 1er juin 2019 et expire au 1er juin 2021 ; une déclaration déposée le 9 décembre 2023 est donc irrecevable comme hors délai (Tribunal administratif de Strasbourg, 9 juin 2026, n° 2402857).

B. Transitoires et droits constitués

Les dispositions transitoires du décret du 10 avril 2019 prévoient que les conditions de forme et de délais des articles 37-2 à 37-7 du décret de 1987 ne s’appliquent pas aux agents ayant déposé une déclaration d’accident ou de maladie professionnelle avant l’entrée en vigueur du décret, et que, lorsque aucun accident ou maladie n’a été déclaré avant cette date, les délais mentionnés à l’article 37-3 courent à compter du premier jour du deuxième mois suivant la publication du décret, soit le 1er juin 2019 pour la fonction publique territoriale (Tribunal administratif de Melun, 6 juin 2024, n° 2007968). Le tribunal de Melun a ainsi jugé qu’une agente territoriale souffrant d’une pathologie psychique imputable à ses conditions de travail pouvait être regardée comme ayant formé une déclaration de maladie professionnelle dans le délai transitoire courant jusqu’au 1er juin 2021, et que l’administration ne pouvait lui opposer la tardiveté de sa demande du 24 janvier 2020 (Tribunal administratif de Melun, 6 juin 2024, n° 2007968). Dans cette même décision, le juge rappelle que les droits des agents publics en matière d’accident de service et de maladie professionnelle sont constitués à la date de l’accident ou du diagnostic de la maladie, ce qui n’empêche pas l’application des nouveaux délais à des maladies constatées antérieurement mais déclarées après l’entrée en vigueur des textes réglementaires.

Cette logique est transposée à la fonction publique hospitalière par les dispositions équivalentes du décret n°88-386 du 19 avril 1988, modifié par le décret du 13 mai 2020, et par l’article 16 de ce dernier, que le tribunal de Martinique applique pour considérer que les conditions de forme et de délai des articles 35-2 et 35-3 sont applicables aux demandes initiales de CITIS motivées par une maladie dont la déclaration est postérieure au 16 mai 2020, même si la pathologie a été diagnostiquée auparavant (Tribunal administratif de Martinique, 29 janvier 2026, n° 2500077). Ces convergences de solutions montrent que, dans les trois versants de la fonction publique, la possibilité de déclarer une maladie professionnelle est encadrée par des délais qui se rattachent à la première constatation médicale ou à l’information sur le lien avec le travail, indépendamment des procédures déjà engagées au titre d’un accident lié au même contexte.

II. Indépendance des procédures : accident de service, maladie professionnelle et recours contentieux

A. Accident et maladie : objets juridiques distincts

La décision de Strasbourg du 9 juin 2026 retient explicitement que la procédure juridictionnelle relative à la reconnaissance d’un accident de service n’interrompt pas le délai de prescription ou de forclusion applicable à la déclaration de maladie professionnelle. Le tribunal se fonde sur l’article L.224-1 du code civil qui dispose que la demande en justice interrompt la prescription ou la forclusion, mais juge que cette interruption ne joue pas lorsque la procédure porte sur une « cause juridique distincte » : il affirme que la procédure relative à l’accident de service n’a pas eu pour effet d’interrompre la prescription relative à la déclaration de maladie professionnelle, dès lors qu’elle portait sur une cause juridique différente et que le fonctionnaire n’était pas empêché d’adresser une déclaration de maladie depuis qu’il avait été informé du lien possible entre sa maladie et son activité professionnelle (Tribunal administratif de Strasbourg, 9 juin 2026, n° 2402857). En l’absence de force majeure, d’impossibilité absolue ou de motifs légitimes, l’administration se trouve ainsi en situation de compétence liée pour rejeter la demande de reconnaissance de maladie professionnelle présentée après l’expiration du délai de deux ans.

Cette analyse confirme que la démarche de l’agent visant l’imputabilité au service de l’accident (et éventuellement le CITIS au titre d’un accident de trajet ou de service) et la déclaration de maladie professionnelle constituent deux voies juridiques distinctes, même lorsque la pathologie résulte d’une décompensation dans un contexte de harcèlement ou de quasi-harcèlement moral. Dans l’affaire de Strasbourg, la maladie psychique est directement liée à des faits de harcèlement moral reconnus pénalement, et la première constatation médicale de ce lien figure dans des certificats de 2018 et 2019 ; malgré le contentieux sur l’accident de service, l’agent ne peut se prévaloir d’une interruption du délai de deux ans pour la maladie professionnelle (Tribunal administratif de Strasbourg, 9 juin 2026, n° 2402857). Le parallèle avec la décision de Toulon sur la commune de Sanary-sur-Mer, dans laquelle un syndrome anxio-dépressif est imputé exclusivement à un accident de service et non à une maladie professionnelle, montre que la qualification de la pathologie (accident vs maladie professionnelle) relève d’une appréciation médicale et juridique qui n’est pas déterminée par la seule existence d’un choc psychologique ou d’un contexte de harcèlement, mais peut être contestée et réexaminée (Tribunal administratif de Toulon, 5 mai 2023, n° 2002930).

Dans un autre registre, le Conseil d’État a, à propos de l’exécution d’une décision relative à un avantage spécifique d’ancienneté, rappelé que des demandes portant sur des éléments qui ne résultent pas directement de la décision initiale – en l’espèce, les chances d’avancement de grade – soulèvent un litige distinct de l’exécution de cette décision ("cette contestation (…) soulève un litige distinct de l'exécution de cette décision" Conseil d’État, 13 juillet 2016, n° 359366). Par analogie, la demande d’annulation d’un refus de reconnaître un accident imputable au service et la déclaration de maladie professionnelle visant la reconnaissance d’une pathologie psychique imputable aux conditions de travail doivent être considérées comme des litiges distincts, qui peuvent coexister et être instruits parallèlement, sous réserve du respect des délais propres à chacun.

B. Effet des décisions implicites et compétence liée de l’administration

S’agissant des conséquences procédurales, la décision du tribunal de Martinique illustre la manière dont la succession de déclarations de maladie professionnelle et l’absence de recours contre les décisions implicites de rejet déterminent la capacité de l’administration à placer un agent provisoirement en CITIS. Le juge relève que l’agent hospitalier a déposé une première déclaration de maladie professionnelle, rejetée implicitement au bout de deux mois, puis une seconde, pour laquelle l’administration a sollicité une expertise psychiatrique prolongeant le délai à cinq mois ; faute de décision expresse à l’issue de ce délai, une nouvelle décision implicite de rejet est née, et, en l’absence de recours, ces décisions sont devenues définitives à la date de la demande de placement provisoire (Tribunal administratif de Martinique, 29 janvier 2026, n° 2500077). Le tribunal en déduit qu’aucune demande d’imputabilité n’était en cours d’instruction à la date de la demande de placement provisoire, plaçant l’administration en situation de compétence liée pour rejeter cette demande.

Cette analyse rejoint celle du tribunal de Strasbourg sur la compétence liée de la commune pour rejeter la demande de reconnaissance d’une maladie professionnelle présentée hors délai et en l’absence de justification de force majeure, d’impossibilité absolue ou de motifs légitimes (Tribunal administratif de Strasbourg, 9 juin 2026, n° 2402857). Dans le contexte d’un agent territorial en situation de décompensation psychique liée à un quasi harcèlement moral, il s’ensuit que la possibilité de déposer une déclaration de maladie professionnelle parallèlement au recours en annulation contre le refus d’imputabilité de l’accident est conditionnée au respect de ce délai de deux ans : si l’agent dépose la déclaration dans le délai, l’administration doit l’instruire et se prononcer sur l’imputabilité de la maladie ; si la déclaration est tardive, la demande doit être rejetée et la compétence liée rend inopérants les moyens tirés de l’erreur d’appréciation ou de la faute dans l’instruction.

Par ailleurs, la décision de Melun du 6 juin 2024 montre une situation inverse, où l’administration a méconnu les délais applicables en considérant à tort qu’une demande de reconnaissance d’une pathologie dépressive devait être analysée au titre de l’accident de service (délai de quinze jours) et non comme une déclaration de maladie professionnelle (délai de deux ans courant à partir du 1er juin 2019). Le tribunal juge que la directrice des ressources humaines « ne pouvait légalement se voir opposer le délai de quinze jours applicable uniquement en matière d’accident de service » et que le délai pour la maladie professionnelle expirait au 1er juin 2021, de sorte que la demande du 24 janvier 2020 était recevable (Tribunal administratif de Melun, 6 juin 2024, n° 2007968). Cette solution illustre que, lorsque l’agent décrit une pathologie et un lien avec ses conditions de travail sans faire référence à un événement brutal, sa demande doit être regardée comme une déclaration de maladie professionnelle, même si un accident de trajet antérieur avait été reconnu, ce qui renforce l’idée que l’agent peut, dans un même contexte de souffrance au travail, articuler des démarches différentes (accident et maladie professionnelle) et que l’administration doit qualifier correctement la demande au regard des textes.

III. Implications pratiques pour l’agent territorial en décompensation psychique

A. Déclaration de maladie professionnelle dans un contexte de quasi-harcèlement

Les textes applicables à la maladie professionnelle (article L461-1 du code de la sécurité sociale pour la reconnaissance d’origine professionnelle, combiné avec les dispositions du décret de 1987 pour la fonction publique territoriale) prévoient notamment qu’une maladie peut être reconnue d’origine professionnelle, même si les conditions d’un tableau ne sont pas remplies, lorsque il est établi qu’elle est directement causée par le travail habituel, et qu’une maladie non désignée dans un tableau peut être reconnue comme professionnelle lorsqu’elle est essentiellement et directement causée par l’exercice des fonctions et entraîne une incapacité permanente d’un certain taux (Article L461-1 du Code de la sécurité sociale). Dans le cadre du congé pour invalidité temporaire imputable au service, l’article 21 bis de la loi du 13 juillet 1983 transpose ces critères en termes d’imputabilité au service des maladies professionnelles ou non qualifiées comme telles, et les décisions de Melun et de Martinique montrent que ces dispositions sont désormais opérationnelles dans les trois versants de la fonction publique (Tribunal administratif de Melun, 6 juin 2024, n° 2007968 ; Tribunal administratif de Martinique, 29 janvier 2026, n° 2500077).

Dans le cas d’une décompensation psychique liée à un quasi harcèlement moral, la situation décrite par le tribunal de Strasbourg est particulièrement proche : un attaché territorial, dont le maire a été condamné pour harcèlement moral, présente des certificats médicaux établissant un lien entre sa pathologie et son environnement professionnel, mais dépose sa déclaration de maladie professionnelle plus de deux ans après ces constats (Tribunal administratif de Strasbourg, 9 juin 2026, n° 2402857). Le tribunal rejette sa demande pour tardiveté, sans remettre en cause la possibilité théorique de reconnaître la maladie comme imputable au service ; il souligne au contraire que l’agent n’était pas empêché de déposer sa déclaration depuis qu’il avait été informé du lien possible entre sa maladie et son activité professionnelle. Cette décision confirme que, dans un contexte de harcèlement ou de quasi harcèlement, l’agent peut et doit exercer sa faculté de déclarer une maladie professionnelle dans le délai de deux ans, indépendamment des recours en cours sur l’accident de service ou sur la radiation des cadres.

Par ailleurs, le tribunal de Nîmes a jugé, dans une affaire d’enseignante victime d’un choc psychologique lié à l’agression d’un élève, que la première constatation du syndrome anxio-dépressif réactionnel ressort du certificat initial d’accident du travail, même si la demande ultérieure de reconnaissance de maladie professionnelle se réfère à ce même syndrome (Tribunal administratif de Nîmes, 9 juillet 2024, n° 2201485). Le fait que la pathologie soit née d’un choc unique ou d’une décompensation dans un contexte de tensions ne fait pas obstacle à une qualification en maladie professionnelle ; ce qui est déterminant est le respect du délai de deux ans et la production d’un certificat médical initial de maladie professionnelle au soutien de la demande.

B. Concomitance du recours en annulation de l’accident et de la déclaration de maladie professionnelle

L’ensemble des décisions fournit des éléments convergents pour répondre à la question spécifique de la possibilité pour un agent territorial de déposer une déclaration de maladie professionnelle pendant qu’il conteste devant le tribunal administratif le refus de reconnaissance d’un accident imputable au service. D’une part, la décision de Strasbourg sur l’article L.224-1 du code civil confirme que le recours en annulation relatif à l’accident et la déclaration de maladie professionnelle constituent des procédures portant sur des causes juridiques distinctes, de sorte que la demande en justice relative à l’accident n’interrompt pas le délai de deux ans pour la maladie professionnelle (Tribunal administratif de Strasbourg, 9 juin 2026, n° 2402857). D’autre part, le Conseil d’État, dans la décision du 13 juillet 2016, rappelle, dans un cadre différent, que les demandes visant des effets qui ne résultent pas directement de la décision initiale doivent être regardées comme soulevant un litige distinct, ce qui renforce l’idée que la démarche de l’agent en matière de maladie professionnelle ne doit pas être absorbée par le contentieux de l’accident ("cette contestation (…) soulève un litige distinct" Conseil d’État, 13 juillet 2016, n° 359366).

En pratique, pour un agent de la fonction publique territoriale en décompensation psychique dans un contexte de quasi harcèlement moral, l’articulation est la suivante : l’agent peut saisir le tribunal administratif d’un recours en annulation contre le refus d’imputabilité de l’accident, qui portera sur la qualification et les conséquences de l’événement brutal (accident de service ou de trajet) au regard du régime du CITIS et des congés ; parallèlement, il peut adresser à l’autorité territoriale une déclaration de maladie professionnelle accompagnée d’un formulaire décrivant les circonstances et d’un certificat médical indiquant la nature, le siège des lésions et la durée probable de l’incapacité (Article 37-2 du décret n°87-602 du 30 juillet 1987). Cette déclaration doit intervenir dans le délai de deux ans à compter de la première constatation médicale de la maladie ou de l’information, par certificat, du lien possible entre la maladie et l’activité professionnelle, ce délai courant, en l’absence de déclaration antérieure, à partir du 1er juin 2019 pour les pathologies antérieures à l’entrée en vigueur du décret du 10 avril 2019 (Tribunal administratif de Melun, 6 juin 2024, n° 2007968).

Aucun des textes ni des décisions examinées n’interdit à l’agent de cumuler ces démarches ; au contraire, le régime des délais montre que la déclaration de maladie professionnelle doit être engagée indépendamment du contentieux de l’accident pour éviter la forclusion. Le juge souligne toutefois que, si la déclaration est tardive ou dépourvue des pièces requises (formulaire, certificat médical complet), l’administration est tenue de la rejeter, et les moyens tirés de l’erreur d’appréciation deviennent inopérants en situation de compétence liée (Tribunal administratif de Strasbourg, 9 juin 2026, n° 2402857 ; Tribunal administratif de Strasbourg, 31 mars 2025, n° 2305727). Dans ce cadre, la qualification de la pathologie comme résultant d’un accident ou comme maladie professionnelle reste contestable dans le contentieux de l’imputabilité, comme l’illustre l’affaire de Toulon où le syndrome anxio-dépressif est finalement imputé exclusivement à l’accident de service et non à une maladie professionnelle (Tribunal administratif de Toulon, 5 mai 2023, n° 2002930), mais ce débat de qualification n’affecte pas la possibilité, textuelle et jurisprudentielle, de déposer une déclaration de maladie professionnelle pendant qu’une procédure contentieuse sur l’accident est pendante.

Conclusion

Le droit applicable permet à un agent territorial, victime d’un accident non reconnu imputable au service et en décompensation psychique dans un contexte de quasi-harcèlement moral, de déposer parallèlement une déclaration de maladie professionnelle, à condition de respecter le délai de deux ans à compter de la première constatation médicale ou de l’information sur le lien possible avec l’activité professionnelle et les exigences de forme (formulaire et certificat médical). Les procédures relatif à l’accident de service et à la maladie professionnelle sont juridiquement distinctes, de sorte que le recours en annulation contre le refus d’imputabilité de l’accident n’interrompt pas le délai de deux ans pour la maladie ; en cas de dépassement de ce délai, l’administration se trouve en compétence liée pour rejeter la demande. En pratique, la coexistence de ces démarches ouvre à l’agent la possibilité d’obtenir la reconnaissance de l’imputabilité de sa pathologie psychique, tout en contestant le refus de reconnaissance de l’accident, mais impose une vigilance sur le respect des délais et la complétude de la déclaration de maladie professionnelle.