Le 24 juillet 2009, le Conseil d'Etat a partiellement annulé deux décrets du 19 mars 2007 : le premier, relatif à la dissémination volontaire à toute autre fin que la mise sur le marché de produits composés en tout ou partie d'organismes génétiquement modifiés ; le second, ayant trait à la procédure d'autorisation de mise sur le marché de produits non destinés à l'alimentation composés en tout ou partie d'organismes génétiquement modifiés (CE, 24 juillet 2009, Comité de recherche et d'information indépendante sur le génie génétique, n°305314 et 305315). Compte tenu de l'entrée en vigueur des dispositions des articles 3 et 7 de la Charte de l'environnement, issues de la loi constitutionnelle du 1er mars 2005, le Conseil d'Etat a en effet jugé que le pouvoir réglementaire n'était pas compétent pour édicter les dispositions relatives d'une part, aux conditions et limites de l'information du public sur la dissémination des organismes génétiquement modifiés, et, d'autre part, aux conditions de la prévention des atteintes susceptibles d'être portées à l'environnement.

Cette décision complète une jurisprudence abondante du Conseil d'Etat en matière d'organismes génétiquement modifiés. En mars 2008, le juge des référés du Conseil d'État a ainsi rejeté la demande de suspension de deux arrêtés du ministre de l'agriculture. Ceux-ci interdisaient sur le territoire national la mise en culture, en vue de la mise sur le marché, de variétés de semences de maïs génétiquement modifié, dans l'attente de la décision de la Commission européenne à venir sur le renouvellement de l'autorisation de mise sur le marché de ces variétés (CE, Association générale des producteurs de maïs, 19 mars 2008, n° 313547).

De même, il a annulé la décision du ministre d'autoriser la dissémination d'OGM dans le cadre d'un programme expérimental de 4 ans pour irrégularité de la procédure suivie (CE, 28 avril 2006, Fédération des syndicats agricoles MODEF, n° 274458).

En outre, s'agissant de l'information du public sur les lieux de dissémination des OGM, par l'arrêt du 21 novembre 2007, Commune de Sausheim, n° 280969, le Conseil d'État a jugé que le lieu où la dissémination est pratiquée ne peut être considéré comme confidentiel pour la protection des intérêts des demandeurs de dissémination ou des intérêts protégés par la loi. Il s'appuie pour cela sur les dispositions de la loi du 13 juillet 1992, loi qui transpose la directive 90/220/CEE du Conseil du 23 avril 1990 relative à la dissémination volontaire d'organismes génétiquement modifiés (OGM) dans l'environnement. Plusieurs tribunaux administratifs avaient déjà jugé dans le même sens (voir, par exemple, TA d'Orléans, 2 juillet 2002, M. A.).

Dans cette dernière affaire, s'agissant d'une question d'interprétation d'une directive communautaire, le Conseil d'État a cependant sursis à statuer sur le fond en renvoyant une question préjudicielle à la CJCE. D'une part, pour déterminer sur ce qu'il fallait entendre par « lieu où la dissémination sera pratiquée » (parcelle cadastrée ou zone géographique plus large correspondant ou bien à la commune sur le territoire de laquelle la dissémination intervient ou bien à une zone plus étendue encore - canton, département). D'autre part, dans le cas où le lieu de dissémination était la parcelle cadastrée, si une réserve d'ordre public pouvait s'opposer à cette communication.