Par un arrêt du 4 mars 2010 (Aff. n°C-241/08), la Cour de justice de l'Union européenne a constaté le manquement de la France à ses obligations d'Etat en matière de responsabilité environnementale.

En effet, il a été jugé que la France a - d'une part, en prévoyant de manière générale que la pêche, les activités aquacoles, la chasse et les autres activités cynégétiques pratiquées dans les conditions et sur les territoires autorisés par les lois et règlements en vigueur ne constituent pas des activités perturbantes ou ayant de tels effets, et d'autre part, en exemptant systématiquement de la procédure d'évaluation des incidences sur le site les travaux, ouvrages et aménagements prévus par les contrats Natura 2000, et en exemptant systématiquement de cette procédure les programmes et projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements soumis à un régime déclaratif - manqué aux obligations qui lui incombent en vertu de la directive (n°92/43/CEE), concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages.

Cet arrêt en manquement à l'encontre de la France jugeant insuffisante la transposition réalisée en 2001, au regard des dispositions de directive de 1992, dite "habitats, faune, flore", implique l'obligation d'instituer un "régime d'incidences de tout plan ou projet pouvant porter atteinte à un site Natura 2000". Ces sites protégés sont particulièrement propices à la conservation des habitats naturels et des espèces animales et végétales. Ils forment le réseau Natura 2000.

Dans un communiqué, le ministère de l'Ecologie indique que par anticipation à cette décision, il a engagé en 2008 les travaux pour définir un nouveau régime d'incidence qui a été inscrit dans la loi "responsabilité environnementale" du 1er août 2008. Depuis, le Code de l'environnement dans sa nouvelle version de l'article L414-4 prévoit un régime d'évaluation institué par la directive.

Désirant se conformer aux obligations communautaires, le ministère annonce que le premier décret d'application du nouvel article L414-4 "sera publié au Journal officiel de la République française dans les prochains jours".