Le 1er mars 2013, Conseil d'État a censuré la cour administrative d'appel de Nantes qui, pour prononcer l'annulation partielle d'une autorisation d'urbanisme seulement en ce qu'elle concerne l'un des deux éléments d'un projet, relève que ces éléments sont matériellement distincts, alors qu'il existe un lien fonctionnel entre eux.

Le Conseil d'État va préciser « que, d'une part, lorsque les éléments d'un projet de construction ou d'aménagement ayant une vocation fonctionnelle autonome auraient pu faire, en raison de l'ampleur et de la complexité du projet, l'objet d'autorisations distinctes, le juge de l'excès de pouvoir peut prononcer une annulation partielle de l'arrêté attaqué en raison de la divisibilité des éléments composant le projet litigieux ; que, d'autre part, il résulte des dispositions de l'article L. 600-5 citées ci-dessus qu'en dehors de cette hypothèse, le juge administratif peut également procéder à l'annulation partielle d'une autorisation d'urbanisme dans le cas où une illégalité affecte une partie identifiable du projet et où cette illégalité est susceptible d'être régularisée par un arrêté modificatif de l'autorité compétente, sans qu'il soit nécessaire que la partie illégale du projet soit divisible du reste de ce projet ».