En matière d’effet direct du droit européen, il convient de distinguer l’effet direct vertical (qui permet aux particuliers de se prévaloir d’une norme européenne vis-à-vis d’un Etat membre) et l’effet direct horizontal (qui permet à un particulier de prévaloir d’une norme européenne vis-à-vis d’un autre particulier).

C’est depuis un arrêt du 5 avril 1979 (Ministère public contre Tullio Ratti - Affaire 148/78) que la Cour de Justice se prononce en faveur d’un effet direct des directives qui ne peut être que de nature verticale.

Sur cette base, la Cour de Justice considère qu’un Etat Membre ne peut se prévaloir des dispositions d’une directive non transposée, ou incorrectement transposée à l’encontre des particuliers.

Cette position de la Cour de Justice est partagée conjointement par le Conseil d’Etat (Conseil d'Etat N° 149226 155083 162001 arrêt du 23 juin 1995 SA Lilly France) et par la Cour de cassation (Par exemple, Cour de Cassation Chambre Civile 2, arrêt du 10 avril 2014 pourvoi n° 13-16670 aux termes duquel une directive ne peut pas, par elle-même, créer d'obligations dans le chef d'un particulier et ne peut donc être invoquée comme telle à son encontre).

La Cour de cassation a récemment rappelé sa position dans un arrêt du 3 février 2016 (Cour de cassation, chambre criminelle, arrêt du 3 février 2016 - pourvoi n°14-85198).

Dans cette affaire, une personne morale exploitant une pharmacie et son dirigeant, ont été cités par l'administration des douanes devant le tribunal correctionnel pour avoir omis de tenir une comptabilité matière et commis une infraction aux lois et règlements sur les contributions indirectes en s'abstenant d'acquitter les droits sur les alcools commercialisés auprès de destinataires non identifiés.

Pour déclarer les prévenus coupables et entrer en voie de condamnation, la Cour d’appel d’Aix en Provence a pris pour base juridique l'article 27 de la directive 92/ 83/ CEE du Conseil du 19 octobre 1992, lequel subordonne l'exonération des droits sur l'alcool acquis par les pharmaciens au seul usage médical ou pharmaceutique dans les pharmacies.

La Cour de cassation, au visa de l’article 288 du Traité sur le fonctionnement de l'Union européenne, rappelait dans sa décision du 3 février 2016 que « les directives ne peuvent produire un effet direct à l'encontre des particuliers » et censurait en conséquence l’arrêt d’appel en ce qu’il appliquait « directement les dispositions d'une directive à l'encontre des prévenus ».