Depuis le 1er septembre 2026, de nouvelles règles encadrent la durée des prescriptions d'arrêts de travail pour maladie. Cette réforme, qui vise notamment à mieux encadrer la durée des prescriptions et à renforcer le suivi des arrêts, appelle toutefois une lecture nuancée de la part des employeurs.

  •  31 jours pour l'arrêt initial, 62 jours pour la prolongation

​Depuis le 1er septembre 2026, un arrêt de travail pour maladie est, en principe, prescrit pour une durée maximale de 31 jours lorsqu'il s'agit de l'arrêt initial et 62 jours lorsqu'il s'agit d'une prolongation.

Attention toutefois, ces durées ne constituent pas une durée maximale d'absence du salarié. 

Lorsque son état de santé le justifie, le médecin peut prescrire un arrêt dépassant ces plafonds. Il doit alors justifier médicalement la durée supérieure prescrite. 

Ces nouvelles règles de plafonnement concernent les arrêts maladie et non les arrêts liés à un accident du travail ou à une maladie professionnelle.

  • Quelles conséquences pour l'employeur ? 

La réforme ne donne pas à l'employeur un nouveau pouvoir de contrôle sur la durée de l'arrêt.

Ainsi, un employeur ne peut pas considérer qu'un arrêt de 40 jours est irrégulier au seul motif que le principe est désormais fixé à 31 jours pour une première prescription.

Le contrôle de la justification médicale de l'arrêt relève de l'Assurance maladie et, dans certaines conditions, des dispositifs de contre-visite médicale pouvant être mis en œuvre par l'employeur.

L'entreprise doit donc continuer à gérer l'absence sur la base de l'arrêt qui lui est transmis, sans apprécier elle-même le bien-fondé médical de sa durée.

  • Le motif reste confidentiel 

Autre évolution importante : le professionnel de santé doit désormais renseigner le motif médical de l'arrêt à destination du service du contrôle médical de l'Assurance maladie.

Cela ne signifie pas que l'employeur aura accès au diagnostic du salarié.

Le secret médical demeure applicable : le motif médical est destiné au service médical de l'Assurance maladie et n'a pas vocation à être communiqué à l'employeur.

L'entreprise doit donc continuer à respecter strictement la confidentialité des informations relatives à la santé du salarié.

  • Au-delà du texte

Pour les entreprises, cette évolution ne remet pas en cause les fondamentaux de la gestion des arrêts maladie : le contrat de travail demeure suspendu pendant l'absence et les règles relatives aux indemnités journalières et au maintien de salaire continuent de s'appliquer dans les conditions prévues par la loi et, le cas échéant, par la convention collective.

Son impact devrait en revanche se faire sentir davantage dans la gestion quotidienne des absences. Des prescriptions initiales plus courtes et des prolongations potentiellement plus fréquentes pourraient entraîner un suivi administratif plus soutenu pour les équipes RH et les gestionnaires de paie.

Cette évolution pourrait également compliquer le remplacement des salariés absents. Des besoins de remplacement renouvelés sur des périodes relativement courtes peuvent, dans certaines entreprises, rendre plus difficile le recrutement de personnel temporaire et compliquer l'organisation des équipes.

À l'inverse, la réforme pourrait donner un intérêt accru aux dispositifs de contrôle déjà ouverts à l'employeur, notamment lorsque l'absence se prolonge. Le médecin mandaté dans le cadre d'une contre-visite peut en effet se prononcer sur le caractère justifié de l'arrêt, y compris sur sa durée.

À notre sens, l'intérêt de cette réforme ne réside donc pas uniquement dans le plafonnement des prescriptions. Elle pourrait surtout favoriser un suivi plus régulier des arrêts de longue durée tout en maintenant l'équilibre nécessaire entre le respect des droits du salarié et la maîtrise de l'absentéisme.