Dans une réponse ministérielle n°78341 (JOAN Q 6 juillet 2010, p.7568), le secrétaire d'Etat chargé du commerce a indiqué que:

"Le régime de l'auto-entrepreneur est applicable aux personnes relevant de la franchise en base en TVA et du régime des micro-entreprises en impôts directs défini aux articles 50-0 et 102 ter du code général des impôts. En conséquence, l'année de la création, leur chiffre d'affaires ne devait pas excéder, en 2009, 80 000 EUR pour une activité de vente (80 300 EUR en 2010) ou 32 000 EUR pour une activité de prestation de services (32 100 EUR en 2010), ces seuils étant « ajustés », s'il y a lieu, au prorata du temps d'exploitation au cours de l'année civile. La règle du pro rata temporis s'applique pour l'année de création de l'activité et l'année de cessation. Pour l'année de création, le niveau d'activité annuel de l'entreprise s'apprécie en divisant son chiffre d'affaires de l'année par le nombre de jours d'activité, ce chiffre d'affaires per diem étant ensuite multiplié par 365. L'année de création, le franchissement des limites ordinaires de chiffre d'affaires du fait de l'application du pro rata temporis a pour conséquence l'impossibilité d'accéder au régime fiscal de la micro-entreprise et par extension au régime de l'auto-entreprise. C'est pourquoi les auto-entrepreneurs qui avaient dépassé les limites en cause dès l'année de leur création se sont vu refuser le bénéfice du régime.

Afin de tenir compte des difficultés rencontrées par les auto-entrepreneurs, une mesure de tolérance va être mise en oeuvre afin de pouvoir procéder à la réintégration dans le régime de l'auto-entrepreneur des personnes exclues par application de la règle du pro rata temporis. La règle du prorata ne sera pas appliquée au titre de l'année 2009 dès lors que le chiffre d'affaires réel de l'année non proratisé ne dépasse pas les seuils de 80 000 EUR ou 32 000 EUR selon les activités. Cette réintégration se fera sans aucune démarche particulière de la part des auto-entrepreneurs. Pour l'avenir, afin de sécuriser l'ensemble des auto-entrepreneurs qui démarrent leur activité, le Gouvernement est favorable à la suppression de cette règle du pro rata temporis et soumettra prochainement au vote du Parlement une modification législative en ce sens".