En matière de plus-values à long terme, la remise en cause du prix de cession d'un élément d'actif peut aboutir à imposer comme une libéralité la minoration de prix si le fisc parvient à démontrer que la valeur vénale de l'actif litigieux était supérieure au prix de vente consenti.

Que peut-on faire de la base imposable supplémentaire qui en découle ?

La réponse à la question dépend de la décision de gestion qui a été prise au cours de l'exercice de rattachement de la plus-value. 

Si l'entreprise a imputé la plus-value initiale minorée sur un déficit existant au jour de la clôture de l'exercice de cession, elle ne peut plus demander à bénéficier du taux réduit des plus-values à long-terme sur la rectification ultérieure. C'est la position que vient de prendre le Conseil d'Etat dans sa décision du 28 décembre 2018 (n°42570), au motif qu'imputer un déficit est une décision de gestion qui s'impose au contribuable, qui ne peut plus, ultérieurement, changer d'avis.

A noter que si l'entreprise avait omis de déclarer la plus-value volontairement, son sort aurait été bien meilleur puisque dans ce cas, le même Conseil d'Etat considère depuis un arrêt du 10 août 2007 (n°277113), que le montant de la plus-value rectifiée peut faire l'objet d'une compensation avec le déficit constaté au cours de l'exercice de cession.

En résumé, ne pas déclarer volontairement la totalité d'une plus-value ne prive pas le contribuable du droit de compenser l'imposition à long-terme sur le déficit de l'exercice, alors que subir une telle rectification après avoir déclaré volontairement une partie de la plus-value ne permet pas de le faire. 

Le contribuable le moins vertueux est celui qui est le mieux traité...!