Référence du jugement : TA Toulon, 4e ch., 9 déc. 2024, n° 2300515, SCI Les Pins du Couloubrier (Lexbase n° A26646NY)

La protection de la biodiversité constitue un pilier du droit de l'environnement, particulièrement dans le cadre de projets d'aménagement ou industriels. En France, le cadre relatif aux espèces protégées, énoncé aux articles L. 411-1 et L. 411-2du code de l'environnement, interdit en principe les activités susceptibles de nuire à ces espèces ou à leurs habitats. Des dérogations peuvent toutefois être accordées par le préfet, sous des conditions strictes. Le jugement du Tribunal administratif de Toulon du 9 décembre 2024 (n° 2300515) offre un cas d'étude éclairant sur l'application de ces dispositions à l'occasion de l'enregistrement d'une installation classée pour la protection de l'environnement (ICPE), en l'occurrence une déchetterie intercommunale à Sainte-Maxime.

Rejetant la requête en annulation dirigée contre l'arrêté préfectoral d'enregistrement du 14 octobre 2022, cette décision illustre la manière dont le juge du plein contentieux des ICPE articule la protection des espèces protégées avec la possibilité de régulariser, en cours d'instance, une autorisation initialement illégale. L'intérêt pour les praticiens est double : il porte sur les conditions dans lesquelles une dérogation « espèces protégées » est exigée, et sur les pouvoirs de régularisation du juge.

Rappel des faits

La communauté de communes du golfe de Saint-Tropez exploite, sur le territoire de la commune de Sainte-Maxime, une déchetterie intercommunale (parcelles d'une superficie totale d'environ 13 hectares, en bordure de la RD n° 25). En vue de sa rénovation et de son extension, elle a déposé le 2 mars 2022 un dossier de demande d'enregistrement au titre de la réglementation ICPE, qui a donné lieu à un arrêté préfectoral d'enregistrement du 14 octobre 2022.

La société civile immobilière requérante, propriétaire de parcelles non bâties jouxtant le terrain d'assiette, a contesté cet arrêté en invoquant notamment l'absence de dérogation « espèces protégées », en violation des articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l'environnement. Sur la base d'un prédiagnostic écologique de décembre 2020, elle soutenait que le projet portait atteinte à de nombreuses espèces protégées (oiseaux, reptiles et amphibiens, insectes, chiroptères, ainsi qu'une espèce végétale).

Postérieurement à l'arrêté d'enregistrement, le préfet du Var a accordé, par un arrêté du 20 janvier 2023, une dérogation pour deux espèces — la tortue d'Hermann et la magicienne dentelée. Le tribunal a rejeté la requête, jugeant, d'une part, que cet arrêté de dérogation régularisait l'illégalité initiale pour ces deux espèces et, d'autre part, que les autres espèces invoquées ne nécessitaient pas de dérogation, les impacts résiduels du projet ayant été évalués comme négligeables après mesures d'évitement et de réduction.

I. Dérogation et régularisation : comment le juge préserve-t-il l'équilibre environnemental ?

A. Le cadre juridique de la dérogation « espèces protégées »

Le tribunal s'appuie sur les articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l'environnement, qui interdisent la destruction ou la perturbation des espèces protégées et la dégradation de leurs habitats, sauf dérogation accordée par le préfet. Cette dérogation est subordonnée à trois conditions distinctes et cumulatives : l'absence d'autre solution satisfaisante ; l'absence d'atteinte au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle ; et la justification de la dérogation par l'un des cinq motifs limitativement énumérés, parmi lesquels figure la raison impérative d'intérêt public majeur (point 28).

Surtout, le tribunal rappelle que l'obligation de solliciter une dérogation n'existe que si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées est « suffisamment caractérisé ». À ce titre, les mesures d'évitement et de réduction proposées par le pétitionnaire doivent être prises en compte : lorsque ces mesures présentent, sous le contrôle de l'administration, des garanties d'effectivité telles qu'elles réduisent le risque au point qu'il n'apparaisse plus suffisamment caractérisé, aucune dérogation n'est requise (points 29 à 31).

Cette grille d'analyse n'est pas propre au tribunal : elle reprend l'avis de principe rendu par le Conseil d'État (CE, Sect., 9 déc. 2022, n° 463563, Association Sud-Artois, publié au recueil Lebon).

Actualisation. Depuis ce jugement, ce standard a été codifié. La loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 a inséré au premier alinéa de l'article L. 411-2-1 du code de l'environnement la règle selon laquelle la dérogation « n'est pas requise lorsqu'un projet comporte des mesures d'évitement et de réduction présentant des garanties d'effectivité telles qu'elles permettent de diminuer le risque […] au point que ce risque apparaisse comme n'étant pas suffisamment caractérisé ». Le texte légal va toutefois au-delà de la jurisprudence : il exige en outre que le projet intègre un dispositif de suivi permettant d'évaluer l'efficacité des mesures (transposition de la directive « RED III »). À la date du jugement commenté (décembre 2024), cette règle demeurait purement jurisprudentielle, l'article L. 411-2-1 — créé par la loi du 10 mars 2023 puis modifié par la loi « industrie verte » du 23 octobre 2023 — ne portant alors que sur la présomption de raison impérative d'intérêt public majeur reconnue à certains projets.

B. L'analyse du tribunal : régularisation pour deux espèces, absence de risque caractérisé pour les autres

Le tribunal distingue nettement deux situations.

Pour la tortue d'Hermann et la magicienne dentelée, il constate qu'en accordant la dérogation du 20 janvier 2023, le préfet a nécessairement reconnu que le projet portait atteinte à ces deux espèces protégées : l'arrêté d'enregistrement initial, intervenu sans dérogation, était donc illégal sur ce point. Toutefois, l'intervention de cette dérogation, postérieurement à l'arrêté attaqué et dont le caractère définitif n'était pas contesté, a eu pour effet de régulariser cette illégalité (point 39).

Pour les autres espèces invoquées, le tribunal se fonde sur l'étude écologique du 16 juin 2022 jointe au dossier de demande de dérogation. Après prise en compte de sept mesures d'évitement et de réduction proposées par la communauté de communes, les impacts résiduels du projet ont été évalués comme « négligeables » pour l'ensemble des espèces présentes ; la requérante n'a pas utilement contesté ces conclusions, que confirmait l'avis favorable du Conseil national de la protection de la nature rendu le 27 décembre 2022. Le risque n'étant pas suffisamment caractérisé, la communauté de communes n'était pas tenue d'obtenir une dérogation pour ces espèces (point 40). Le moyen tiré de la violation des articles L. 411-1 et L. 411-2 est ainsi écarté (point 41).

Le fondement de la régularisation mérite une attention particulière. L'arrêté d'enregistrement d'une ICPE relève du contentieux de pleine juridiction (article L. 514-6 du code de l'environnement, point 32). Le tribunal prend toutefois soin d'écarter l'application directe de l'article L. 181-18 du même code — propre au juge de l'autorisation environnementale — à une décision d'enregistrement qui, comme en l'espèce, ne tient pas lieu d'autorisation environnementale et n'est pas soumise à évaluation environnementale (points 33 et 34). C'est donc au titre de son office de juge du plein contentieux des installations classées que le juge peut, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés et qu'une illégalité est régularisable, soit surseoir à statuer en vue d'une régularisation (points 34 et 35), soit — lorsque l'administration lui transmet spontanément des éléments de régularisation — se fonder sur ces éléments sans être tenu de surseoir, dès lors qu'il a préalablement invité les parties à présenter leurs observations (point 36).

En l'espèce, le tribunal n'a pas eu à surseoir : la dérogation du 20 janvier 2023 existait déjà, et les parties avaient été invitées à s'exprimer sur sa portée régularisatrice. La continuité du projet a donc pu être préservée sans suspension de l'exploitation.

II. Entre pragmatisme et protection : intérêt et limites du jugement

A. L'intérêt pour les praticiens

La décision présente un intérêt pédagogique réel.

Elle clarifie d'abord l'articulation entre l'obligation de dérogation et les mesures d'évitement et de réduction : des mesures suffisamment effectives peuvent dispenser le pétitionnaire de solliciter une dérogation lorsque le risque n'est pas suffisamment caractérisé (points 29 à 31). C'est une grille d'analyse précieuse pour la constitution des dossiers d'enregistrement, sous réserve désormais — depuis la loi du 26 mai 2026 — d'intégrer un dispositif de suivi.

Elle illustre ensuite l'étendue des pouvoirs de régularisation du juge du plein contentieux des ICPE, y compris en dehors du champ de l'article L. 181-18, et la faculté qui en découle de tenir compte d'une dérogation intervenue postérieurement à l'acte attaqué pour éviter son annulation (points 33 à 36, et 39).

Elle rappelle enfin l'importance des études écologiques et des avis d'experts — ici l'avis du Conseil national de la protection de la nature — dans l'appréciation des impacts, et donc la nécessité de dossiers scientifiquement robustes pour sécuriser les autorisations environnementales.

B. Observations critiques : une évaluation des impacts qui pourrait être plus exigeante

La décision appelle néanmoins quelques réserves, qui relèvent de l'appréciation et non de la critique de la solution juridique, solidement ancrée.

D'une part, le tribunal s'appuie sur la qualification d'impacts résiduels « négligeables » retenue par l'étude écologique du 16 juin 2022 sans détailler les critères méthodologiques ayant conduit à cette qualification (point 40). Dans un contexte d'érosion de la biodiversité, une exigence accrue quant à l'analyse des impacts cumulés ou à long terme — notamment pour des espèces sensibles comme les chiroptères ou les oiseaux — aurait pu renforcer la décision. Cette observation reste toutefois tributaire de l'argumentation effectivement développée devant le tribunal : la requérante n'ayant pas utilement contesté les résultats de l'étude, le juge n'était pas tenu d'y substituer sa propre expertise.

D'autre part, la régularisation a posteriori, pour la tortue d'Hermann et la magicienne dentelée, privilégie la continuité du projet sur l'exigence d'une dérogation préalable. On peut y voir le risque d'inciter certains pétitionnaires à différer leurs démarches en comptant sur une régularisation ultérieure. Il faut cependant souligner que ce mécanisme de régularisation n'a rien d'inédit : il procède de l'office désormais bien établi du juge du plein contentieux des ICPE, et suppose qu'une décision de dérogation, définitive, soit effectivement intervenue. La portée de cette critique relève donc davantage de la politique jurisprudentielle que d'une nouveauté contestable en droit.

Enfin, sur le sort des espèces autres que les deux espèces faisant l'objet de la dérogation, le tribunal a retenu (point 38) que la requérante ne démontrait pas que l'ensemble des espèces qu'elle invoquait figuraient effectivement sur les listes d'espèces protégées fixées par arrêtés interministériels, et a jugé le moyen imprécis. Le juge a ainsi répondu au moyen en faisant peser la charge de la preuve sur la requérante. On peut regretter que la décision ne précise pas, espèce par espèce, leur statut de protection ; mais cette imprécision est, en l'état du débat, imputable à l'argumentation de la requérante davantage qu'à une carence du jugement.

Conclusion

Le jugement du Tribunal administratif de Toulon du 9 décembre 2024 offre une illustration utile du régime des dérogations « espèces protégées » et des pouvoirs de régularisation du juge du plein contentieux des ICPE. En confirmant que des mesures d'évitement et de réduction effectives peuvent dispenser d'une dérogation lorsque le risque n'est pas suffisamment caractérisé, et en admettant la régularisation d'une illégalité par une dérogation postérieure à l'acte attaqué, il fournit aux praticiens des repères concrets. Son apport doit aujourd'hui se lire à la lumière de la codification opérée par la loi du 26 mai 2026, qui assortit désormais cette dispense d'une exigence de suivi. Il invite, plus largement, à anticiper les obligations relatives aux espèces protégées dès la conception des projets.

Références citées :