Le Conseil d'Etat a considéré que dans le cas où le maire a pris un arrêté interruptif visant à faire cesser des travaux réalisés en méconnaissance du permis de construire, cet arrêté est abrogé implicitement de plein droit par l'arrêté postérieur délivrant un permis modificatif dont l'objet est de régulariser ces travaux, même partiellement.

Cette abrogation de plein droit a pour effet de rendre irrecevable la requête en référé suspension dirigée contre l'arrêté interruptif de travaux. Il s'agit alors d'un moyen d'ordre public, que le juge peut donc invoquer d'office.

En revanche, la requête au fond contre l'arrêté interruptif de travaux reste valable, dès lors que l'abrogation ne vaut que pour l'avenir. L'annulation de l'arrêté reste donc possible, ce qui peut, notamment, ouvrir la voie à une demande indemnitaire si l'arrêté illégal a causé un préjudice au demandeur.

CE, 16 octobre 2019, n°423275
https://www.legifrance.gouv.fr/affichJuriAdmin.do?oldAction=rechExpJuriAdmin&idTexte=CETATEXT000039230805&fastReqId=312582322&fastPos=1