En droit de la fonction publique, le droit à la prolongation de la période probatoire (    le stage) en raison de l’état de santé de l’agent résulte pour l’essentiel de dispositions réglementaires ( Décret n°94-874 du 7 octobre 1994 fixant les dispositions communes applicables aux stagiaires de l'Etat et de ses établissements publics ; Décret n°92-1194 du 4 novembre 1992 fixant les dispositions communes applicables aux fonctionnaires stagiaires de la fonction publique territoriale ; Décret n°97-487 du 12 mai 1997 fixant les dispositions communes applicables aux agents stagiaires de la fonction publique hospitalière).

Ce droit à la prolongation de stage est conditionné à une interruption minimale pour raison de santé. Ainsi, la prolongation de stage est prononcé dès lors que l’arret de travail a été d’une durée minimal d’un 1/10ème de la période de stage. Aussi, pour un stage d’une année, le stage sera prolongé si le ou les arrêts de travail sont d’au moins 36 jours sur la totalité de la période de stage.

Non seulement ce droit s’applique dans l’hypothèse d’arrêt de travail intervenant durant la période de stage initiale, mais également lorsque l’arrêt de travail intervient durant la période d renouvellement de stage prononcée par l'autorité compétente si elle a estimé que les conditions n'étaient pas réunies pour une titularisation ou confirmation dans l'emploi. 

Si un agent public fait l’objet d’un renouvellement de stage, c’est que l’administration considère (à tort ou à raison) que n’ayant pas fait ses preuves pendant la période de stage d’une année, une nouvelle occasion lui est donnée, de faire preuve de son aptitude professionnelle durant une nouvelle année entière.  Ainsi, l'agent public doit pouvoir, de manière effective être mis à même de démontrer son aptitude professionnelle. L'intervention d'arrêts maladie y faisant obstacle, une décision de non titularisation ou de non confirmation ne peut légalement intervenir.

A titre d'illustration, la Cour administrative d'appel de Marseille a ainsi estimé qu'un agent avait été licencié en cours de stage car la décision mettant fin à son stage a été prise à la fin de la durée de la prolongation alors que ses absences, pendant une grande partie de la prolongation, pour congés de maladie auraient dû allonger la période de prolongation. La décision contestée a donc été annulée :

« Considérant qu’il résulte des pièces du dossier qu’alors qu’il venait, par décision en date du 25 juillet 1996, de proroger le stage de madame C. pour une période de six mois allant du 1er mai au 3 1 er novembre 1996, le maire de Baudinard-sur-Verdon a pris, le 30 juillet 1996, à l’encontre de l’intéressée une sanction disciplinaire d’avertissement au motif d’un manquement aux obligations professionnelles ; que cette sanction a été ultérieurement annulée par le tribunal administratif de Nice en raison de son insuffisante motivation ; que madame C. a été placée en congé de maladie à compter du 30 juillet 1996 et qu’elle était toujours dans cette position à la date à laquelle est intervenu l’arrêté de licenciement en date du 9 décembre 1996, en litige ; qu’au titre de la période de prorogation de stage, madame C. N’a dès lors, exercé effectivement ses fonctions que durant quelques jours ; que l’arrêté de licenciement en litige est, quant à lui, motivé par plusieurs griefs [….] ; que ces     éléments d’appréciation de l’aptitude professionnelle ne sont toutefois établis par aucun fait précis et daté susceptible de se rattacher aux quelques jours d’exercice effectif de ses fonctions durant la période de prorogation de stage, qui soit suffisamment grave pour justifier le licenciement, lequel doit être regardé comme intervenu en cours de stage, compte-tenu du fait que les congés de maladie ne pouvaient être pris en compte intégralement comme temps de stage (…). (Cour administrative d’appel de Marseille, 24 mai 2005, Commune de Baudinard-surVerdon, req n°01MA01323).

C’est également ce qu’a estimé la Cour administrative d’appel de Paris : 

« 1. Considérant que Mme A… a été engagée par le centre hospitalier de la Polynésie française par contrat à durée déterminée couvrant la période du 3 octobre 2012 au 30 juin 2013 en qualité d’agent non titulaire pour exercer les fonctions de préparatrice en pharmacie ; que l’intéressée ayant été admise le 9 janvier 2013 au concours externe de préparateur en pharmacie, elle a été nommée, par arrêté du ministre de l’économie, des finances, du travail, de l’emploi du 22 mars, préparatrice en pharmacie stagiaire à compter du 1er mars 2013 ; que par arrêté du25 avril 2014 du ministre de la santé, de la protection sociale généralisée et de la fonction publique de la Polynésie française, la période de stage de l’intéressée a été prorogée pour une durée de 6 mois, du 25 mars au 24 septembre 2014 ; que Mme A… a été placée en congé de maladie à compter du 24 juillet 2014, et ce jusqu’à la décision du 16 janvier 2015 notifiée le 22 janvier 2015, prise par le président de la Polynésie française refusant sa titularisation et prononçant son licenciement pour insuffisance professionnelle ; que le président de la Polynésie française a pris un arrêté le 24 mars 2015 portant refus de titularisation et licenciement de Mme A… ; que par la présente requête, Mme A… relève appel du jugement n° 1500257 du 10 novembre 2015 par lequel le Tribunal de Polynésie française a rejeté sa demande d’annulation des décisions du président de la Polynésie française refusant sa titularisation et prononçant son licenciement pour insuffisance professionnelle ; (…) 3. Considérant que Mme A… a, durant la période de prolongation de son stage, été absente pour congé de maladie du 24 juillet 2014 jusqu’au prononcé de sa cessation de fonctions ; qu’elle a été licenciée le 22 janvier 2015, soit avant l’expiration de la durée effective de sa prolongation de stage de six mois ; que, dès lors, les décisions en litige doivent être regardées comme ayant prononcé le licenciement de l’intéressée en cours de stage ; (CAA Paris, 2e ch., 4 oct. 2017, n° 16PA02416).

Plus explicite encore, le tribunal administratif d’Orléans a indiqué :

« qu’il résulte de ces dispositions que, lorsque des congés de maladie ont été régulièrement accordés à un stagiaire en cours de stage, la date de fin de stage doit être déterminée en prenant en compte la durée de ces congés excédant le dixième de la durée du stage pour prolonger, à due concurrence, la durée d’un an initialement prévue pour le stage et, en cas de prorogation du stage, la durée d’un an augmentée de la période de prorogation ; » (TA Orléans, 24 mai 2016, n° 1401243 ; voir également TA Versailles, 27 févr. 2015, n° 1300729).

C’est ce qu’a estimé encore récemment le tribunal administratif d’Amiens :

« Les congés de maladie ne sont pas pris en compte dans la période de stage d’un agent de la fonction publique hospitalière. Par suite, lorsqu’un agent stagiaire a été placé en congé de maladie pendant la période de son stage, celui-ci doit etre prolongé d’une période équivalente à la durée totale des congés de maladie » (TA Amiens, 10 novembre 2022, n°2003677-2003681).